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D: Taxonomia de microrganismos clinicamente relevantes

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    Patógenos bacterianos

    As tabelas a seguir listam as espécies e alguns grupos superiores de eubactérias patogênicas mencionadas no texto. A classificação das bactérias, um dos três domínios da vida, está em constante fluxo à medida que as relações se tornam mais claras por meio da amostragem de sequências genéticas. Muitos grupos em todos os níveis taxonômicos ainda têm uma relação indeterminada com outros membros da árvore filogenética das bactérias. O Manual de Sistemática de Arqueias e Bactérias de Bergey mantém uma lista publicada e descrições de espécies procarióticas. As tabelas aqui seguem a organização taxonômica no Esboço Taxonômico Manual de Bergey. 1

    Dividimos as espécies em tabelas correspondentes a diferentes filos bacterianos. A classificação taxonômica do reino não é usada na taxonomia de procariontes, então os filos são o subagrupamento abaixo do domínio. Observe que muitos filos bacterianos não são representados por essas tabelas. As espécies e gêneros são listados apenas na classe dentro de cada filo. Os nomes dados às bactérias são regulados pelo Código Internacional de Nomenclatura de Bactérias, conforme mantido pelo Comitê Internacional de Sistemática ou Procariontes.

    Tabela\(\PageIndex{1}\): Filo Actinobacteria
    Classe Gênero Espécies Doenças relacionadas
    Actinobactérias Corynebacterium difteria Difteria
    Gardnerella vaginal Vaginose bacteriana
    Micrococo   Infecções oportunistas
    Mycobacterium bovis Tuberculose, principalmente em bovinos
    Mycobacterium lepra Doença de Hansen
    Mycobacterium tuberculose Tuberculose
    Propionibactéria acnes Acne, blefarite, endoftalmite

     

    Tabela\(\PageIndex{2}\): Filo Bacteroidetes
    Classe Gênero Espécies Doenças relacionadas
    Bacteroídios Porphyromonas   Doença periodontal
    Prevotella intermedia Doença periodontal

     

    Tabela\(\PageIndex{3}\): Filo Chlamydiae
    Classe Gênero Espécies Doenças relacionadas
    Clamídias Clamídia psitaci Psitacose
    Clamídia trachomatis Clamídia sexualmente transmissível

     

    Tabela\(\PageIndex{4}\): Phylum Firmicutes
    Classe Gênero Espécies Doenças relacionadas
    Bacilos Bacilo antracis Antraz
    Bacilo cereus Intoxicação alimentar diarreica e emética
    Listeria monocitógenos Listeriose
    Enterococo fecais Endocardite, septicemia, infecções do trato urinário, meningite
    Estafilococo aureus Infecções cutâneas, sinusite, intoxicação alimentar
    Estafilococo epidermidis Infecções nosocomiais e oportunistas
    Estafilococo hominis Infecções oportunistas
    Estafilococo saprófito Infecções urinárias
    Estreptococo agalactiae Infecção pós-parto, sepse neonatal
    Estreptococo mutans Cárie dentária
    Estreptococo pneumonias Pneumonia, muitas outras infecções
    Estreptococo piogenes Faringite, escarlatina, impétigo, fascite necrosante
    Clostrídios Clostridium botulínico Envenenamento botulínico
    Clostridium difícil Colite
    Clostridium perfringens Intoxicação alimentar, gangrena gasosa
    Clostridium tétano Tétano

     

    Tabela\(\PageIndex{5}\): Fusobactérias do filo
    Classe Gênero Espécies Doenças relacionadas
    Fusobacteriia Fusobacterium   Doença periodontal, síndrome de Lemierre, úlceras cutâneas
    Estreptobacilo moniliforme Febre por picada de rato

     

    Tabela\(\PageIndex{6}\): Proteobactérias do Filo
    Classe Gênero Espécies Doenças relacionadas
    Alfaproteobactérias Anaplasma fagocitófilo Anaplasmose granulocítica humana
    Bartonella henselae Peliose, hepatite, angiomatose bacilar, endocardite, bacteremia
    Bartonella quintana Febre da trincheira
    Brucella melitensis Brucelose ovina
    Ehrlichia chaffeensis Erliquiose monocítica humana
    Rickettsia prowazekii Tifo epidêmico
    Rickettsia rickettsii Febre maculosa de Rocky Mountain
    Rickettsia tifo Tifo murino
    Betaproteobactérias Bordetella coqueluche Coqueluche
    Eikenella   Infecções por picada
    Neisseria gonorreia Gonorréia
    Neisseria meningite Meningite
    Spirillum menos (alt. minor) Sodoku (febre por picada de rato)
    Proteobactérias Epsilon Campylobacter jejuni Gastroenterite, síndrome de Guillain-Barré
    Helicobacter pylori Úlceras gástricas
    Gammaproteobactérias Aeromonas hidrófilo Gastroenterite disentérica
    Coxiella burnetii Febre Q
    Enterobacter   infecções urinárias e respiratórias
    Escherichia Cepas de
    coli    : produtoras de toxina
    shiga (STEC) (por exemplo, O157:H7) também chamadas de E. coli enterohemorrágica (EHEC) ou E. coli produtora de verocitotoxina (VTEC)    		 Surtos de diarreia alimentar, colite hemorrágica, síndrome hemolítico-urêmica
    Escherichia
    Estirpe coli: E. coli
     enterotoxigênica (ETEC)    		 Diarreia do viajante
    Escherichia
    Estirpe coli: E.
    coli     enteropatogênica (EPEC)    		 Diarréia, especialmente em crianças pequenas
    Escherichia
    Estirpe coli: E. coli
     enteroagregativa (EAEC)    		 Doença diarreica em crianças e viajantes
    Escherichia
    Estirpe coli: E. coli
     difusamente aderente (DAEC)    		 Doença diarreica de crianças
    Escherichia
    Estirpe coli: E. coli
     enteroinvasiva (EPEC)    		 Disenteria bacilar, as células invadem as células epiteliais intestinais
    Francisella tularensis Tularemia
    Haemophilus ducreyi Cancróide
    Haemophilus gripes Bacteremia, pneumonia, meningite
    Klebsiella pneumonias Pneumonia, infecções nosocomiais
    Legionella pneumófilo Doença do legionário
    Moraxela catarral Otite média, bronquite, sinusite, laringite, pneumonia
    Pasteurella   Pasteurelose
    Plesiomonas shigelóides Gastroenterite
    Proteus   Infecções oportunistas do trato urinário
    Pseudomonas aeruginosa Pneumonia oportunista, nosocomial e sepse
    Salmonela bongori Salmonelose
    Salmonela enterica Salmonelose
    Serratia   Pneumonia, infecções urinárias
    Shigella boydii Disenteria
    Shigella disenteria Disenteria
    Shigella flexneri Disenteria
    Shigella sonnei Disenteria
    Vibrio cóleras Cólera
    Vibrio parahemolítico Gastroenterite de frutos do mar
    Vibrio vulnificus Gastroenterite de frutos do mar, infecções de feridas necrosantes, septicemia
    Yersinia enterocolítica Yersiniose
    Yersinia peste Peste
    Yersinia pseudotuberculosis Febre escarlate do Extremo Oriente

     

    Tabela\(\PageIndex{7}\): Phylum Spirochaetes
    Classe Gênero Espécies Doenças relacionadas
    Espiroquetia Borrelia burgdorferi Doença de Lyme
    Borrelia hermisi Febre recidivante transmitida por carrapatos
    Borrelia é recorrente Febre recidivante transmitida por piolhos
    Leptospira interrogatórios Leptospirose
    Treponema pálido Sífilis, bejel, pinta, bocejar

     

    Tabela\(\PageIndex{8}\): Filo Tenericutes
    Classe Gênero Espécies Doenças relacionadas
    Mollicutes Micoplasma genitálio Uretrite, cervicite
    Micoplasma hominis Doença inflamatória pélvica, vaginose bacteriana
    Micoplasma pneumonias Pneumonia por mico
    Ureaplasma urealítico Uretrite, infecções fetais

    Patógenos virais

    Existem vários sistemas de classificação de vírus. O Comitê Internacional de Taxonomia de Vírus (ICTV) é o órgão científico internacional responsável pelas regras de classificação viral. O sistema ICTV usado aqui agrupa vírus com base na semelhança genética e na suposta monofilia. O sistema de classificação viral é separado do sistema de classificação de organismos celulares. O sistema ICTV agrupa vírus em sete ordens, que contêm famílias relacionadas. Atualmente, há um grande número de famílias não designadas com afinidades desconhecidas com as sete ordens. Três dessas ordens infectam apenas Eubactérias, Archaea ou plantas e não aparecem nesta tabela. Algumas famílias podem ser divididas em subfamílias. Também existem muitos gêneros não atribuídos. Como todas as taxonomias, a taxonomia viral está em constante fluxo. A lista completa e a classificação mais recentes de espécies podem ser obtidas no site do ICTV. 2

    Uma tabela intitulada “Patógenos virais” fornece informações sobre ordem, família, subfamília, gênero, espécie e doenças relacionadas. Para encomendar Herpesvirales, família herpesviridae, subfamília betaherpesvirinae, gênero grupo de citomegalovírus humano, espécie herpesvírus humano 5, a doença relacionada é hepatite por citomegalovírus e outras infecções em pessoas imunocomprometidas. Para a ordem herpesvirales, família herpesviridae, subfamília gammaherpesvirinae, gênero lymphocryptovirus, espécie herpesvírus humano 4 (HHV-4; vírus Epstein-Barr), a doença relacionada é a mononucleose infecciosa. Para encomendar Herpesvirales, família herpesviridae, subfamília alphaherpesvirinae, gênero simplexvirus, espécie herpesvírus humano 1, herpesvírus humano 2, as doenças relacionadas são o vírus herpes simplex 1, o vírus herpes simplex 2. Para a ordem herpesvirales, família herpesviridae, subfamília alphaherpesvirinae, gênero varicellovirus, espécie herpesvírus humano 3, as doenças relacionadas varicela, herpes zoster. Para a ordem mononegavirales, família filoviridae, subfamília alphaherpesvirinae, gênero ebolavirus, espécie zaire ebolavirus (EBOV), a doença relacionada é o Ebola. Para a ordem mononegavirales, família filoviridae, gênero marburgvirus, espécie Marburg marburgvirus (MARV), a doença relacionada é a doença do vírus Marburg. Para a ordem mononegavirales, família rhabdoviridae, gênero lyssavirus, espécie vírus da raiva, a doença relacionada é a raiva. Para a ordem mononegavirales, família paramyxoviridae, subfamília pneumovirinae, gênero pneumovirus, espécie vírus sincicial respiratório humano, a doença relacionada é a infecção do trato respiratório inferior. Para a ordem mononegavirales, família paramyxoviridae, subfamília paramyxovirinae, gênero morbillivirus, espécie vírus do sarampo, a doença relacionada é o sarampo (rubéola). Para a ordem Nidovirales, família coronaviridae, subfamília coronavirinae, gênero coronavírus, as doenças relacionadas são resfriado comum, pneumonia, SARS. Para a ordem picornavirales, família picornaviridae, gênero hepatovírus, espécie vírus da hepatite A, a doença relacionada é a hepatite A. Para a ordem picornavirales, família picornaviridae, gênero enterovírus, espécie enterovírus C, a doença relacionada é a poliomielite. Para a ordem picornavirales, família picornaviridae, gênero enterovírus, espécie rinovírus A, a doença relacionada é o resfriado comum. Para a ordem picornavirales, família picornaviridae, gênero enterovírus, espécie rinovírus B, a doença relacionada é o resfriado comum. Para a ordem picornavirales, família picornaviridae, gênero enterovírus, espécie rinovírus C, a doença relacionada é o resfriado comum. As entradas restantes nesta tabela não estão atribuídas na categoria do pedido. Na família adenovírus, gênero mastadenovírus, as doenças relacionadas são infecções respiratórias e outras. Na família arenaviridae, gênero mammarenavirus, espécie lassa mammarenavirus, a doença relacionada é a febre de Lassa. Para a família astroviridae, a doença relacionada é a gastroenterite. Para a família bunyaviridae, gênero hantavírus, espécie de várias espécies, as doenças relacionadas são a febre hemorrágica por hantavírus com síndrome renal (HFRS), a síndrome pulmonar por hantavírus (HPS). Para a família Bunyaviridae, gênero nairovírus, espécie vírus da febre hemorrágica da Criméia-Congo (CCHF), a doença relacionada é a febre hemorrágica da Criméia-Congo. Para a família caliciviridae, gênero norovírus, espécie vírus Norwalk, a doença relacionada é a gastroenterite.
    Figura\(\PageIndex{1}\)
    Uma tabela intitulada “Patógenos virais (continuação)” fornece informações sobre ordem, família, subfamília, gênero, espécie e doenças relacionadas. Todas as entradas nesta tabela não estão atribuídas na categoria do pedido. Para a família flaviviriadae, gênero flavivirus, espécie vírus da dengue, a doença relacionada é a dengue. Para a família flaviviriadae, gênero flavivirus, espécie vírus da febre amarela, a doença relacionada é a febre amarela. Na família flaviviriadae, gênero hepacivirus, espécie vírus da hepatite c, a doença relacionada é a hepatite C. Para a família hepadnaviridae, gênero orthohepadnavirus, espécie vírus da hepatite B, a doença relacionada é a hepatite B. Para a família Hepeviridae, gênero orthohepevirus, espécie vírus da hepatite E, o doença relacionada é a hepatite E. Para a família orthomyxoviridae, gênero influenzavirus A, espécie influenza vírus A, a doença relacionada é a gripe pandêmica. Para a família orthomyxoviridae, gênero influenzavirus B, espécie influenza vírus B, a doença relacionada é a gripe. Para a família orthomyxoviridae, gênero influenzavirus C, espécie influenza vírus C, a doença relacionada é a gripe. Para a família papillomaviridae, gênero alphapapillomavirus, espécie papilomavírus humano, a doença relacionada são as verrugas cutâneas. Para a família parvoviridae, subfamília parvovirinae, gênero erythroparvovirus, espécie parvovírus humano B 19, a doença relacionada é a quinta doença (eritema infectosum). Para a família poxviridae, subfamília chordopoxvirinae, gênero orthopoxvirus, espécie varíola virus, as doenças relacionadas são varíola maior, varíola menor (varíola). Para a família poxviridae, subfamília chordopoxvirinae, gênero orthopoxvirus, espécie vaccinia virus, a doença relacionada é a varíola bovina. Para a família reoviridae, subfamília sedoreovirinae, gênero rotavírus, espécie oito espécies, a doença relacionada é a gastroenterite. Para a família retroviridae, subfamília orthoretrovirinae, gênero lentivirus, espécie vírus da imunodeficiência humana, a doença relacionada é a AIDS. Para a família togaviridae, gênero alphavirus, espécie chikungunya virus (CHIKV), a doença relacionada é Chikungunya. Para a família togaviridae, gênero rubivirus, espécie vírus da rubéola, a doença relacionada é a rubéola (sarampo alemão). Para uma ordem não atribuída, gênero deltavirus, espécie vírus da hepatite D, a doença relacionada é a hepatite D.
    Figura\(\PageIndex{2}\)

    Patógenos fúngicos

    Os Fungi são um dos reinos do domínio Eukarya. Os fungos estão mais intimamente relacionados com os animais e alguns outros pequenos grupos e mais distantes com as plantas e outros grupos que antes eram categorizados como protistas. Atualmente, os fungos são divididos em sete filos (ou divisões, uma influência de quando os fungos foram estudados com plantas), mas há incertezas sobre algumas relações. 3 Muitos grupos de fungos, particularmente aqueles que foram anteriormente classificados no filo Zygomycota, que não era monofilético, têm relações incertas com os outros fungos. A única espécie listada nesta tabela que se enquadra nessa categoria é Rhizopus arrhizus. Os nomes dos fungos são regidos pelo Código Internacional de Nomenclatura de Algas, Fungos e Plantas, 4 mas a Comissão Internacional sobre a Taxonomia dos Fungos (ICTF) também promove o trabalho taxonômico sobre fungos. Uma atividade do ICTF é divulgar mudanças de nome para espécies fúngicas médicas e outras importantes. Muitas espécies que antes tinham dois nomes (um para a forma sexual e outro para a forma assexual) agora estão sendo reunidas sob o mesmo nome.

    Tabela\(\PageIndex{9}\): Patógenos fúngicos
    Divisão Gênero Espécies Doenças relacionadas
    Ascomycota Aspergillus flavus Aspergilose oportunista
    Aspergillus fumigado Aspergilose oportunista
    Blastomyces dermatite Blastomicose
    Cândida albicans Gripe (candidíase)
    Coccidioides imitar Febre do Vale (coccidioidomicose)
    Epidermófito   Tinea corporis (micose), tinea cruris (coceira atlética), tinea pedis (pé de atleta), tinea unguium (onicomicose)
    Histoplasma capsulatum Histoplasmose
    Microsporum   Tinea capitis (micose), tinea corpus (micose), outras dermatofitoses
    Pneumocystis jirovecii Pneumonia oportunista
    Sporothrix schenckii Esporotricose (doença de Rose-Handler)
    Trichophyton mentagrófitas var. interdigitais Tinea barbae (coceira de barbeiro), dermatofitoses
    Trichophyton rubrum Tinea corporis (micose), tinea cruris (coceira atlética), tinea pedis (pé de atleta), tinea unguium (onicomicose)
    Basidiomycota Criptococo neoformans Criptococose oportunista, meningite fúngica, encefalite
    Malassezia   Caspa, tinea versicolor
    incerto Rhizopus arízio Mucormicose

    Patógenos protozoários

    As relações entre os organismos (e, portanto, sua taxonomia) anteriormente agrupadas sob o nome de Protistas são mais bem compreendidas do que eram há duas ou três décadas, mas esse ainda é um trabalho em andamento. Em 2005, os Eukarya foram divididos em seis supergrupos. 5 A última classificação de alto nível combinou dois dos supergrupos anteriores para produzir um sistema composto por cinco supergrupos. 6 Essa classificação foi desenvolvida para a Society of Protozoologists, mas não é a única abordagem sugerida. Um dos cinco supergrupos inclui animais, fungos e alguns grupos protistas menores. Outro contém plantas verdes e três grupos de algas. Os outros três supergrupos (listados nas três tabelas abaixo) contêm os outros protistas, muitos deles que causam doenças. Além disso, há um grande número de grupos protistas cujas relações não são compreendidas. Nos três supergrupos representados aqui, indicamos os filos aos quais pertencem os patógenos listados.

    Tabela\(\PageIndex{10}\): Supergrupo Amoebozoa
    Filo Gênero Espécies Doenças relacionadas
    Amebozoários Acanthamoeba   Encefalite amebiana granulomatosa, ceratite acantamébica
    Entamoeba histolítica Enterobíase

     

    Tabela\(\PageIndex{11}\): Supergrupo SAR (Stramenopiles, Alveolata, Rhizaria)
    Filo Gênero Espécies Doenças relacionadas
    Apicomplexa Babésia   Babesiose
    Criptosporídio hominis Criptosporidiose
    Criptosporídio parvum Criptosporidiose
    Ciclospora cayetanensis Gastroenterite
    Plasmódio falciparum Malária
    Plasmódio malária Malária “benigna” ou “quartana” (febre recorrente de 3 dias)
    Plasmódio oval Malária “terciana” (febre recorrente de 2 dias)
    Plasmódio vivax Malária “terciana” “benigna” (febre recorrente de 2 dias)
    Plasmódio knowlesi Malária primata capaz de zoonose, febre cotidiana
    Toxoplasma gondii Toxoplasmose

     

    Tabela\(\PageIndex{12}\): Supergroup Excavata
    Filo Gênero Espécies Doenças relacionadas
    Metamonada Giardia lamblia Giardíase
    Trichomonas vaginal Tricomoníase
    Euglenozoários Leishmania braziliensis Leishmaniose
    Leishmania donovani Leishmaniose
    Leishmania trópico Leishmaniose cutânea
    Tripanossoma brucei Doença do sono africana (tripanossomíase africana)
    Tripanossoma cruzi Doença de Chagas
    Percolozoários Nageléria fowleri Meningoencefalite amebiana primária (negliceríase)

    Helmintos parasitas

    A taxonomia dos vermes parasitas, todos pertencentes ao reino Animalia, ainda contém muitas incertezas. As espécies patogênicas são encontradas em dois filos: o Nematoda, ou lombrigas, e os Platyhelminthes, ou vermes chatos. O Nematoda é dividido provisoriamente em duas classes 7, uma das quais, Chromadorea, provavelmente contém grupos não relacionados. Os platelmintos parasitas estão contidos em três classes de vermes chatos, dos quais dois são importantes para os humanos, os trematódeos e os cestóides.

    Tabela\(\PageIndex{13}\): Phylum Nematoda
    Classe Gênero Espécies Doenças relacionadas
    Cromadorea Ancilostoma canino Infecção por ancilostomídeos
    Ancilostoma duodenal Infecção por ancilostomíase do Vel
    Ascaris lumbricoides Ascaridíase
    Enteróbio vermicular Enterobíase (verme do pino)
    Loa empréstimo Filariose de baixa carga (verme ocular)
    Necator americanus Necatoriose (infecção por ancilostomíase do Novo Mundo)
    Estrongiloides estercoralis Estrongiloidíase
    Enoplea Triquinela espiral é Triquinose
    Trichuris triquiura Tricuríase (infecção por vermes do chicote)

     

    Tabela\(\PageIndex{14}\): Filo Platyhelminthes
    Classe Gênero Espécies Doenças relacionadas
    Trematódeos Clonorchis sinensis Verme chinês do fígado
    Fasciolopsis buski Fasciolopíase
    Fasciola gigantica Fasciolíase
    Fasciola hepatica Fasciolíase
    Opisthorchis felino Opistorquíase
    Opisthorchis viverrini Opistorquíase
    Esquistossoma hematóbio Esquistossomose urinária
    Esquistossoma japonicum Esquistossomose
    Esquistossoma mansoni Esquistossomose intestinal
    Cestoda Difilobotrio latum Difilobotriose
    Echinococcus granuloso Cistos hidáticos (equinococose cística)
    Echinococcus multiloculares Equinococose
    Taenia asiática Teníase intestinal
    Taenia saginata Teníase intestinal
    Taenia solium Teníase intestinal, cisticercose

    Notas de pé

    1. 1 Confiança manual de Bergey. Manual de Sistemática de Arqueias e Bactérias de Bergey, Esboço Taxonômico. 2012. http://www.bergeys.org/outlines.html
    2. 2 Comitê Internacional de Taxonomia de Vírus. “Lista Mestra de Espécies do ICTV”. http://talk.ictvonline.org/files/ict...l/default.aspx
    3. 3 D. S. Hibbett e cols.. “Uma classificação filogenética de alto nível dos fungos.” Pesquisa Micológica 111 no. 5 (2007) :509—547.
    4. 4 J. McNeill e cols.. Código Internacional de Nomenclatura para Algas, Fungos e Plantas (Código de Melbourne). Oberreifenerg, Alemanha. Koeltz Scientific Books; 2012. http://www.iapt-taxon.org/nomen/main.php?
    5. 5 S.M. Adl et al. “A nova classificação de nível superior de eucariotos com ênfase na taxonomia dos protistas.” Jornal de Microbiologia Eucariótica 52 no. 5 (2005) :399—451.
    6. 6 S.M. Adl et al. “A classificação revisada dos eucariotos”. Jornal de Microbiologia Eucariótica 59 nº 5 (2012) :429—514.
    7. 7 Centro Nacional de Informações sobre Biotecnologia. “Navegador de taxonomia: Nematoda”. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy...ax.cgi? id=6231