D : Taxonomie des microorganismes cliniquement pertinents

agents pathogènes bactériens

Les tableaux suivants répertorient les espèces et certains groupes supérieurs d'eubactéries pathogènes mentionnées dans le texte. La classification des bactéries, l'un des trois domaines de la vie, est en constante évolution à mesure que les relations se précisent grâce à l'échantillonnage de séquences génétiques. De nombreux groupes à tous les niveaux taxonomiques entretiennent toujours une relation indéterminée avec d'autres membres de l'arbre phylogénétique des bactéries. Le Manuel de systématique des archées et des bactéries de Bergey publie une liste et des descriptions des espèces procaryotes. Les tableaux présentés ici suivent l'organisation taxonomique décrite dans le plan taxonomique du manuel de Bergey. ¹

Nous avons divisé les espèces dans des tableaux correspondant aux différents phylums bactériens. Le rang taxonomique du règne n'est pas utilisé dans la taxonomie des procaryotes, de sorte que les phyles constituent le sous-groupe situé sous le domaine. Notez que de nombreux phylums bactériens ne sont pas représentés dans ces tableaux. Les espèces et les genres sont répertoriés uniquement sous la classe au sein de chaque phylum. Les noms donnés aux bactéries sont réglementés par le Code international de nomenclature des bactéries tel que maintenu par le Comité international de systématique ou procaryotes.

Agents pathogènes viraux

Il existe plusieurs systèmes de classification des virus. Le Comité international de taxonomie des virus (ICTV) est l'organisme scientifique international responsable des règles de classification des virus. Le système ICTV utilisé ici regroupe les virus en fonction de leur similarité génétique et de leur présomption de monophylie. Le système de classification des virus est distinct du système de classification des organismes cellulaires. Le système ICTV regroupe les virus dans sept ordres, qui contiennent des familles apparentées. Il existe actuellement un grand nombre de familles non assignées qui ont des affinités inconnues avec les sept ordres. Trois de ces ordres infectent uniquement les eubactéries, les archées ou les plantes et n'apparaissent pas dans ce tableau. Certaines familles peuvent être divisées en sous-familles. Il existe également de nombreux genres non assignés. Comme toutes les taxonomies, la taxonomie virale est en constante évolution. La liste complète et la classification les plus récentes des espèces peuvent être obtenues sur le site Web de l'ICTV. ²

Agents pathogènes fongiques

Les Fungi sont l'un des royaumes du domaine Eukarya. Les champignons sont plus étroitement apparentés aux animaux et à quelques autres petits groupes et, de façon plus éloignée, aux plantes et à d'autres groupes qui étaient autrefois considérés comme des protistes. À l'heure actuelle, les champignons sont divisés en sept phylums (ou divisions, ce qui remonte à l'époque où les champignons étaient étudiés avec des plantes), mais certaines relations demeurent incertaines. ³ De nombreux groupes de champignons, en particulier ceux qui étaient autrefois classés dans le phylum Zygomycota, qui n'était pas monophylétique, entretiennent des relations incertaines avec les autres champignons. La seule espèce répertoriée dans ce tableau qui entre dans cette catégorie est Rhizopus arrhizus. Les noms des champignons sont régis par le Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes ⁴, mais la Commission internationale sur la taxonomie des champignons (ICTF) encourage également les travaux taxonomiques sur les champignons. L'une des activités de l'ICTF consiste à faire connaître les changements de noms d'espèces fongiques importantes du point de vue médical ou autre. De nombreuses espèces qui avaient auparavant deux noms (un pour la forme sexuelle et l'autre pour la forme asexuée) sont maintenant regroupées sous un même nom.

Agents pathogènes protozoaires

Les relations entre les organismes (et donc leur taxonomie) précédemment regroupés sous le nom de protistes sont mieux comprises qu'il y a deux ou trois décennies, mais ce travail est toujours en cours. En 2005, les Eukaryas ont été divisés en six supergroupes. ⁵ La dernière classification de haut niveau combinait deux des supergroupes précédents pour produire un système composé de cinq supergroupes. ⁶ Cette classification a été développée pour la Société des protozoologues, mais ce n'est pas la seule approche suggérée. L'un des cinq supergroupes comprend les animaux, les champignons et quelques petits groupes de protistes. Un autre contient des plantes vertes et trois groupes d'algues. Les trois autres supergroupes (listés dans les trois tableaux ci-dessous) contiennent les autres protistes, dont beaucoup sont responsables de maladies. En outre, il existe un grand nombre de groupes de protistes dont les relations ne sont pas comprises. Dans les trois supergroupes représentés ici, nous avons indiqué le phyla auquel appartiennent les agents pathogènes répertoriés.

Helminthes parasites

La taxonomie des vers parasites, qui appartiennent tous au règne Animalia, comporte encore de nombreuses incertitudes. Les espèces pathogènes se trouvent dans deux phylums : les nématodes, ou ascaris, et les platyhelminthes, ou vers plats. Les nématodes sont provisoirement divisés en deux classes ⁷, dont l'une, les Chromadorea, contient probablement des groupes non apparentés. Les vers plats parasites appartiennent à trois classes de vers plats, dont deux sont importants pour l'homme, les trématodes et les cestodes.