1.3 : Types de microorganismes
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Objectifs d'apprentissage
- Énumérer les différents types de microorganismes et décrire leurs caractéristiques
- Donnez des exemples de différents types de microorganismes cellulaires et viraux et d'agents infectieux
- Décrire les similitudes et les différences entre les archées et les bactéries
- Fournir une vue d'ensemble du domaine de la microbiologie
La plupart des microbes sont unicellulaires et suffisamment petits pour nécessiter un grossissement artificiel pour être vus. Cependant, certains microbes unicellulaires sont visibles à l'œil nu et certains organismes multicellulaires sont microscopiques. Un objet doit mesurer environ 100 micromètres (µm) pour être visible sans microscope, mais la plupart des microorganismes sont bien plus petits que cela. Pour mettre en perspective, considérez qu'une cellule animale typique mesure environ 10 µm de diamètre tout en restant microscopique. Les cellules bactériennes mesurent généralement environ 1 µm et les virus peuvent être 10 fois plus petits que les bactéries (Figure\(\PageIndex{1}\)). Voir le tableau\(\PageIndex{1}\) pour les unités de longueur utilisées en microbiologie.
Unité métrique | Signification du préfixe | Équivalent métrique |
---|---|---|
mètre (m) | — | 1 m = 10 x 0 m |
décimètre (dm) | 1/10 | 1 dm = 0,1 m = 10 −1 m |
centimètre (cm) | 1/100 | 1 cm = 0,01 m = 10 −2 m |
millimètre (mm) | 1/1000 | 1 mm = 0,001 m = 10 -3 m |
micromètre (μm) | 1/1 000 000 | 1 μm = 0,000001 m = 10 −6 m |
nanomètre (nm) | 1/1 000 000 000 | 1 nm = 0,0000001 m = 10 −9 m |
Les microorganismes diffèrent les uns des autres non seulement par leur taille, mais également par leur structure, leur habitat, leur métabolisme et de nombreuses autres caractéristiques. Bien que nous considérions généralement les microorganismes comme étant unicellulaires, il existe également de nombreux organismes multicellulaires qui sont trop petits pour être vus sans microscope. Certains microbes, tels que les virus, sont même acellulaires (non composés de cellules).
Les microorganismes sont présents dans chacun des trois domaines de la vie : les archées, les bactéries et les eucaryas. Les microbes des domaines Bactéries et Archées sont tous des procaryotes (leurs cellules n'ont pas de noyau), tandis que les microbes du domaine Eucarya sont des eucaryotes (leurs cellules ont un noyau). Certains microorganismes, tels que les virus, n'appartiennent à aucun des trois domaines de la vie. Dans cette section, nous allons présenter brièvement chacun des grands groupes de microbes. Les chapitres suivants approfondiront les diverses espèces au sein de chaque groupe.
Microorganismes procaryotes
Les bactéries sont présentes dans presque tous les habitats de la planète, y compris chez et sur les humains. La plupart des bactéries sont inoffensives ou utiles, mais certaines sont des agents pathogènes qui causent des maladies chez les humains et d'autres animaux. Les bactéries sont procaryotes parce que leur matériel génétique (ADN) n'est pas contenu dans un véritable noyau. La plupart des bactéries ont des parois cellulaires qui contiennent du peptidoglycane.
Les bactéries sont souvent décrites en fonction de leur forme générale. Les formes courantes incluent la forme sphérique (coccus), la forme de bâtonnet (bacille) ou la forme incurvée (spirille, spirochète ou vibrio). La figure\(\PageIndex{2}\) montre des exemples de ces formes.
Elles possèdent un large éventail de capacités métaboliques et peuvent se développer dans divers environnements, en utilisant différentes combinaisons de nutriments. Certaines bactéries sont photosynthétiques, telles que les cyanobactéries oxygènes et les bactéries vertes soufrées et vertes non soufrées anoxygènes ; ces bactéries utilisent l'énergie dérivée de la lumière solaire et fixent le dioxyde de carbone pour leur croissance. D'autres types de bactéries ne sont pas photosynthétiques et tirent leur énergie de composés organiques ou inorganiques présents dans leur environnement.
Les archées sont également des organismes procaryotes unicellulaires. Les archées et les bactéries ont des histoires évolutives différentes, ainsi que des différences significatives sur le plan de la génétique, des voies métaboliques et de la composition de leurs parois cellulaires et de leurs membranes. Contrairement à la plupart des bactéries, les parois cellulaires archéales ne contiennent pas de peptidoglycane, mais leurs parois cellulaires sont souvent composées d'une substance similaire appelée pseudopeptidoglycane. Comme les bactéries, les archées se trouvent dans presque tous les habitats de la planète, même dans des environnements extrêmes très froids, très chauds, très basiques ou très acides (Figure\(\PageIndex{3}\)). Certaines archées vivent dans le corps humain, mais aucune ne s'est révélée être un agent pathogène humain.
Exercice\(\PageIndex{1}\)
- Quels sont les deux principaux types d'organismes procaryotes ?
- Nommez certaines des caractéristiques qui définissent chaque type.
Microorganismes eucaryotes
Le domaine Eukarya contient tous les eucaryotes, y compris les eucaryotes unicellulaires ou multicellulaires tels que les protistes, les champignons, les plantes et les animaux. La principale caractéristique déterminante des eucaryotes est que leurs cellules contiennent un noyau.
Protistes
Les protistes sont des eucaryotes unicellulaires qui ne sont ni des plantes, ni des animaux, ni des champignons. Les algues et les protozoaires sont des exemples de protistes.
Les algues (au singulier : algue) sont des protistes ressemblant à des plantes qui peuvent être unicellulaires ou multicellulaires (Figure\(\PageIndex{4}\)). Leurs cellules sont entourées de parois cellulaires constituées de cellulose, un type de glucide. Les algues sont des organismes photosynthétiques qui extraient l'énergie du soleil et libèrent de l'oxygène et des glucides dans leur environnement. Comme d'autres organismes peuvent utiliser leurs déchets pour produire de l'énergie, les algues sont des éléments importants de nombreux écosystèmes. De nombreux produits de consommation contiennent des ingrédients dérivés d'algues, tels que le carraghénane ou l'acide alginique, que l'on retrouve dans certaines marques de crème glacée, de vinaigrette, de boissons, de rouge à lèvres et de dentifrice. Un dérivé d'algues joue également un rôle de premier plan dans le laboratoire de microbiologie. La gélose, un gel dérivé d'algues, peut être mélangée à divers nutriments et utilisée pour faire pousser des microorganismes dans une boîte de Pétri. Les algues sont également développées en tant que source potentielle de biocarburants.
Les protozoaires (au singulier : protozoaire) sont des protistes qui constituent l'épine dorsale de nombreux réseaux alimentaires en fournissant des nutriments à d'autres organismes. Les protozoaires sont très divers. Certains protozoaires se déplacent à l'aide de structures ressemblant à des cheveux appelées cils ou de structures semblables à des fouets appelées flagelles. D'autres étendent une partie de leur membrane cellulaire et de leur cytoplasme pour se propulser vers l'avant. Ces extensions cytoplasmiques sont appelées pseudopodes (« faux pieds »). Certains protozoaires sont photosynthétiques, d'autres se nourrissent de matière organique. Certains vivent en liberté, tandis que d'autres sont parasitaires et ne peuvent survivre qu'en extrayant les nutriments d'un organisme hôte. La plupart des protozoaires sont inoffensifs, mais certains sont des agents pathogènes qui peuvent provoquer des maladies chez les animaux ou les humains (Figure\(\PageIndex{5}\)).
Champignons
Les champignons (singulier : champignon) sont également des eucaryotes. Certains champignons multicellulaires, tels que les champignons, ressemblent à des plantes, mais ils sont en fait très différents. Les champignons ne sont pas photosynthétiques et leurs parois cellulaires sont généralement constituées de chitine plutôt que de cellulose.
Les champignons unicellulaires, les levures, sont inclus dans l'étude de la microbiologie. Il existe plus de 1000 espèces connues. Les levures se trouvent dans de nombreux environnements différents, des grands fonds marins au nombril humain. Certaines levures ont des usages bénéfiques, tels que la levée du pain et la fermentation des boissons, mais les levures peuvent également endommager les aliments. Certains provoquent même des maladies, telles que les mycoses vaginales et le muguet buccal (Figure\(\PageIndex{6}\)).
Les autres champignons qui intéressent les microbiologistes sont les organismes multicellulaires appelés moisissures. Les moisissures sont constituées de longs filaments qui forment des colonies visibles (Figure\(\PageIndex{6}\)). Les moisissures se trouvent dans de nombreux environnements différents, de la terre aux aliments pourris en passant par les coins humides des salles de bains. Les moisissures jouent un rôle essentiel dans la décomposition des plantes et des animaux morts. Certaines moisissures peuvent provoquer des allergies, tandis que d'autres produisent des métabolites pathogènes appelés mycotoxines. Les moisissures ont été utilisées pour fabriquer des produits pharmaceutiques, notamment la pénicilline, l'un des antibiotiques les plus couramment prescrits, et la cyclosporine, utilisée pour prévenir le rejet d'organes à la suite d'une greffe.
Exercice\(\PageIndex{2}\)
- Nommez deux types de protistes et deux types de champignons.
- Nommez certaines des caractéristiques qui définissent chaque type.
Helminthes
Les vers parasites multicellulaires appelés helminthes ne sont pas techniquement des microorganismes, car la plupart sont assez gros pour être vus sans microscope. Cependant, ces vers relèvent du domaine de la microbiologie car les maladies causées par les helminthes impliquent des œufs et des larves microscopiques. Un exemple d'helminthes est le ver de Guinée, ou Dracunculus medinensis, qui provoque des étourdissements, des vomissements, de la diarrhée et des ulcères douloureux aux jambes et aux pieds lorsque le ver sort de la peau (Figure\(\PageIndex{7}\)). L'infection survient généralement lorsqu'une personne boit de l'eau contenant des puces d'eau infectées par des larves de ver de Guinée. Au milieu des années 1980, on estimait à 3,5 millions le nombre de cas de dracunculose, mais la maladie a été largement éradiquée. En 2014, seuls 126 cas ont été signalés, grâce aux efforts coordonnés de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) et d'autres groupes engagés dans l'amélioration de l'assainissement de l'eau potable. 12
Virus
Les virus sont des microorganismes acellulaires, ce qui signifie qu'ils ne sont pas composés de cellules. Essentiellement, un virus est constitué de protéines et de matériel génétique (ADN ou ARN, mais jamais les deux) qui sont inertes à l'extérieur de l'organisme hôte. Cependant, en s'incorporant dans une cellule hôte, les virus peuvent coopter avec les mécanismes cellulaires de l'hôte pour se multiplier et infecter d'autres hôtes. Les virus peuvent infecter tous les types de cellules, des cellules humaines aux cellules d'autres microorganismes. Chez l'homme, les virus sont responsables de nombreuses maladies, du rhume banal à la maladie mortelle d'Ebola (Figure\(\PageIndex{8}\)). Cependant, de nombreux virus ne provoquent pas de maladie.
Exercice\(\PageIndex{3}\)
- Les helminthes sont-ils des microorganismes ? Expliquez pourquoi ou pourquoi pas.
- En quoi les virus sont-ils différents des autres microorganismes ?
La microbiologie en tant que domaine d'étude
La microbiologie est un terme général qui englobe l'étude de tous les types de microorganismes. Mais dans la pratique, les microbiologistes ont tendance à se spécialiser dans l'un des nombreux sous-domaines. Par exemple, la bactériologie est l'étude des bactéries ; la mycologie est l'étude des champignons ; la protozoologie est l'étude des protozoaires ; la parasitologie est l'étude des helminthes et autres parasites ; et la virologie est l'étude des virus (Figure\(\PageIndex{9}\)). L'immunologie, c'est-à-dire l'étude du système immunitaire, est souvent incluse dans l'étude de la microbiologie parce que les interactions hôte-pathogène sont essentielles à notre compréhension des processus liés aux maladies infectieuses. Les microbiologistes peuvent également se spécialiser dans certains domaines de la microbiologie, tels que la microbiologie clinique, la microbiologie environnementale, la microbiologie appliquée ou la microbiologie alimentaire.
Dans ce manuel, nous nous intéressons principalement aux applications cliniques de la microbiologie, mais comme les différents sous-domaines de la microbiologie sont étroitement liés, nous aborderons souvent des applications qui ne sont pas strictement cliniques.
Bioéthique en microbiologie
Dans les années 1940, le gouvernement américain cherchait une solution à un problème médical : la prévalence des maladies sexuellement transmissibles (MST) chez les soldats. Plusieurs études désormais tristement célèbres financées par le gouvernement ont utilisé des sujets humains pour rechercher des MST et des traitements courants. Dans l'une de ces études, des chercheurs américains ont intentionnellement exposé plus de 1 300 sujets humains au Guatemala à la syphilis, à la gonorrhée et au chancre noir afin de déterminer la capacité de la pénicilline et d'autres antibiotiques à combattre ces maladies. Les sujets de l'étude comprenaient des soldats guatémaltèques, des prisonniers, des prostituées et des patients psychiatriques ; aucun d'entre eux n'a été informé de sa participation à l'étude. Les chercheurs ont exposé des sujets aux MST par diverses méthodes, qu'il s'agisse de faciliter les rapports sexuels avec des prostituées infectées ou d'inoculer des sujets avec la bactérie connue pour être à l'origine de ces maladies. Cette dernière méthode consistait à faire une petite blessure sur les organes génitaux du sujet ou ailleurs sur le corps, puis à introduire des bactéries directement dans la plaie. 3 En 2011, une commission du gouvernement américain chargée d'étudier l'expérience a révélé que seuls certains des sujets avaient été traités à la pénicilline et que 83 sujets étaient décédés en 1953, probablement à la suite de l'étude. 4
Malheureusement, il s'agit de l'un des nombreux exemples horribles d'expériences de microbiologie qui ont enfreint les normes éthiques de base. Même si cette étude avait permis de sauver des vies (ce n'est pas le cas), peu de gens prétendraient que ses méthodes étaient saines du point de vue éthique ou moralement justifiables. Mais tous les cas ne sont pas aussi clairs. Les professionnels travaillant en milieu clinique sont souvent confrontés à des dilemmes éthiques, tels que la prise en charge de patients qui refusent un vaccin ou une transfusion sanguine vitale. Ce ne sont là que deux exemples de décisions de vie ou de mort qui peuvent se recouper avec les croyances religieuses et philosophiques du patient et du professionnel de santé.
Quelle que soit la noblesse de l'objectif, les études de microbiologie et la pratique clinique doivent être guidées par un certain ensemble de principes éthiques. Les études doivent être effectuées avec intégrité. Les patients et les sujets de recherche donnent leur consentement éclairé (non seulement en acceptant d'être traités ou étudiés, mais en démontrant qu'ils comprennent l'objectif de l'étude et les risques encourus). Les droits des patients doivent être respectés. Les procédures doivent être approuvées par un comité d'examen institutionnel. Lorsque vous travaillez avec des patients, la tenue précise des dossiers, une communication honnête et la confidentialité sont primordiales. Les animaux utilisés pour la recherche doivent être traités avec humanité et tous les protocoles doivent être approuvés par un comité institutionnel de soins et d'utilisation des animaux. Ce ne sont là que quelques-uns des principes éthiques explorés dans les encadrés Eye on Ethics de ce livre.
Orientation clinique : résolution
Les échantillons de LCR prélevés par Cora ne présentent aucun signe d'inflammation ou d'infection, comme on pourrait s'y attendre dans le cas d'une infection virale. Cependant, il y a une forte concentration d'une protéine particulière, la protéine 14-3-3, dans son LCR. Un électroencéphalogramme (EEG) de son fonctionnement cérébral est également anormal. L'EEG ressemble à celui d'un patient atteint d'une maladie neurodégénérative telle que la maladie d'Alzheimer ou la maladie de Huntington, mais le déclin cognitif rapide de Cora ne correspond à aucune de ces maladies. Son médecin conclut plutôt que Cora est atteinte de la maladie de Creutzfeldt-Jakob (MCJ), un type d'encéphalopathie spongiforme transmissible (EST).
La MCJ est une maladie extrêmement rare, qui ne compte qu'environ 300 cas par an aux États-Unis. Elle n'est pas causée par une bactérie, un champignon ou un virus, mais plutôt par des prions, qui ne rentrent pas parfaitement dans une catégorie particulière de microbe. Comme les virus, les prions ne se trouvent pas sur l'arbre de vie parce qu'ils sont acellulaires. Les prions sont extrêmement petits, environ un dixième de la taille d'un virus classique. Ils ne contiennent aucun matériel génétique et sont composés uniquement d'un type de protéine anormale.
La MCJ peut avoir plusieurs causes différentes. Elle peut être acquise par exposition au cerveau ou aux tissus du système nerveux d'une personne ou d'un animal infecté. La consommation de viande provenant d'un animal infecté est l'une des causes de cette exposition. Il y a également eu de rares cas d'exposition à la MCJ par contact avec du matériel chirurgical contaminé5 et par des donneurs de cornée et d'hormone de croissance atteints de la MCJ sans le savoir. 67 Dans de rares cas, la maladie résulte d'une mutation génétique spécifique qui peut parfois être héréditaire. Cependant, chez environ 85 % des patients atteints de la MCJ, la cause de la maladie est spontanée (ou sporadique) et n'a aucune cause identifiable. 8 En raison de ses symptômes et de leur évolution rapide, Cora reçoit un diagnostic de MCJ sporadique.
Malheureusement pour Cora, la MCJ est une maladie mortelle pour laquelle il n'existe aucun traitement approuvé. Environ 90 % des patients décèdent dans l'année suivant le diagnostic. 9 Ses médecins s'efforcent de limiter sa douleur et ses symptômes cognitifs à mesure que sa maladie progresse. Huit mois plus tard, Cora meurt. Son diagnostic de MCJ est confirmé par une autopsie cérébrale.
Résumé
- Les microorganismes sont très divers et se trouvent dans les trois domaines de la vie : les archées, les bactéries et les eucaryas.
- Les archées et les bactéries sont classées dans la catégorie des procaryotes parce qu'elles n'ont pas de noyau cellulaire. Les archées diffèrent des bactéries en termes d'histoire évolutive, de génétique, de voies métaboliques et de composition des parois et des membranes cellulaires.
- Les archées vivent dans presque tous les environnements de la planète, mais aucune archée n'a été identifiée comme pathogène pour l'homme.
- Les eucaryotes étudiés en microbiologie comprennent les algues, les protozoaires, les champignons et les helminthes.
- Les algues sont des organismes ressemblant à des plantes qui peuvent être unicellulaires ou multicellulaires et tirent leur énergie par photosynthèse.
- Les protozoaires sont des organismes unicellulaires dotés de structures cellulaires complexes ; la plupart sont mobiles.
- Les champignons microscopiques comprennent les moisissures et les levures.
- Les helminthes sont des vers parasites multicellulaires. Ils sont inclus dans le domaine de la microbiologie car leurs œufs et leurs larves sont souvent microscopiques.
- Les virus sont des microorganismes acellulaires qui ont besoin d'un hôte pour se reproduire.
- Le domaine de la microbiologie est extrêmement vaste. Les microbiologistes se spécialisent généralement dans l'un des nombreux sous-domaines, mais tous les professionnels de santé ont besoin d'une base solide en microbiologie clinique.
Notes
- 1 C. Greenaway « Dracunculose (maladie du ver de Guinée) ». Journal 170 de l'Association médicale canadienne no 4 (2004) :495—500.
- 2 Organisation mondiale de la santé. « Dracunculose (maladie du ver de Guinée). » OMS. 2015. http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs359/en/. Consulté le 2 octobre 2015.
- 3 Kara Rogers. « Expérience sur la syphilis au Guatemala : projet de recherche médicale américain ». Encyclopaedia Britannica. www.britannica.com/event/Guat... lis-experiment. Consulté le 24 juin 2015.
- 4 Susan Donaldson James. « Les expériences sur la syphilis choquent, mais les essais de médicaments du Tiers-Monde aussi. » ABC World News. 30 août 2011. http://abcnews.go.com/Health/guatema...ry ? id=14414902. Consulté le 24 juin 2015.
- 5 ans, Greg Botelho. « Un cas de maladie de Creutzfeldt-Jakob est confirmé dans le New Hampshire. » CNN. 2013. http://www.cnn.com/2013/09/20/health...brain-disease/.
- 6 P. Rudge et coll. « MCJ iatrogène due à une hormone de croissance dérivée de l'hypophyse avec des temps d'incubation déterminés génétiquement allant jusqu'à 40 ans. » Brain 138 n° 11 (2015) : 3386—3399.
- 7 J.G. Heckmann et coll. « Transmission de la maladie de Creutzfeldt-Jakob par greffe de cornée. » Journal de neurologie, de neurochirurgie et de psychiatrie 63 n° 3 (1997) : 388—390.
- 8 Institut national des troubles neurologiques et des accidents vasculaires cérébraux. « Fiche d'information sur la maladie de Creutzfeldt-Jakob. » NIH. 2015. http://www.ninds.nih.gov/disorders/c....htm#288133058.
- 9 Institut national des troubles neurologiques et des accidents vasculaires cérébraux. « Fiche d'information sur la maladie de Creutzfeldt-Jakob. » NIH. 2015. http://www.ninds.nih.gov/disorders/c....htm#288133058. Consulté le 22 juin 2015.
Lexique
- acellulaire
- ne consistant pas en une ou plusieurs cellules
- algues
- (singulier : algue) n'importe lequel des divers organismes eucaryotes photosynthétiques unicellulaires et multicellulaires ; se distingue des plantes par l'absence de tissus et d'organes vasculaires
- archée
- n'importe lequel de divers microorganismes procaryotes unicellulaires, dont les parois cellulaires contiennent généralement du pseudopeptidoglycane
- bactéries
- (singulier : bactérie) l'un des divers microorganismes procaryotes unicellulaires possédant généralement (mais pas toujours) des puits cellulaires contenant du peptidoglycane
- bactériologie
- l'étude des bactéries
- Eucarya
- le domaine de la vie qui inclut tous les organismes unicellulaires et multicellulaires dont les cellules contiennent des noyaux et des organites liés à la membrane
- champignons
- (singulier : champignon) l'un des divers organismes eucaryotes unicellulaires ou multicellulaires, dont les parois cellulaires sont généralement constituées de chitine et sont dépourvus de pigments photosynthétiques, de tissus vasculaires et d'organes
- helminthes
- un ver parasite multicellulaire
- immunologie
- l'étude du système immunitaire
- microbiologie
- l'étude des microorganismes
- moule
- un champignon multicellulaire, généralement composé de longs filaments
- mycologie
- l'étude des champignons
- parasitologie
- l'étude des parasites
- pathogène
- un microorganisme à l'origine d'une maladie
- protiste
- un microorganisme eucaryote unicellulaire, généralement un type d'algue ou de protozoaire
- protozoaire
- (pluriel : protozoaire) organisme eucaryote unicellulaire, généralement mobile
- protozoologie
- l'étude des protozoaires
- virologie
- l'étude des virus
- virus
- un microorganisme acellulaire, composé de protéines et de matériel génétique (ADN ou ARN), qui peut se répliquer en infectant une cellule hôte
- levure
- n'importe quel champignon unicellulaire