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1 : Un monde invisible

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    Des sources thermales bouillantes aux profondeurs de la glace antarctique, les microorganismes peuvent être trouvés presque partout sur Terre en grande quantité. Les microorganismes (ou microbes, comme on les appelle aussi) sont de petits organismes. La plupart sont si petits qu'ils ne peuvent être vus sans microscope.

    La plupart des microorganismes sont inoffensifs pour l'homme et, en fait, beaucoup sont utiles. Ils jouent un rôle fondamental dans les écosystèmes de la planète, constituant l'épine dorsale de nombreux réseaux alimentaires. Les gens les utilisent pour fabriquer des biocarburants, des médicaments et même des aliments. Sans microbes, il n'y aurait pas de pain, de fromage ou de bière. Notre corps est rempli de microbes, et notre peau à elle seule en abrite des milliards 1. Certains d'entre eux ne peuvent pas nous passer ; d'autres provoquent des maladies qui peuvent nous rendre malades ou même nous tuer.

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    Figure\(\PageIndex{1}\) : Un vétérinaire s'apprête à nettoyer une tortue de mer recouverte de pétrole suite à la marée noire de Deepwater Horizon dans le golfe du Mexique en 2010. Après le déversement, la population d'une bactérie marine naturellement productrice de pétrole appelée Alcanivorax borkumensis a explosé, aidant ainsi à éliminer le pétrole. Les scientifiques étudient des moyens de modifier génétiquement cette bactérie afin de la rendre plus efficace lors de futurs déversements. (source : modification des travaux par le National Ocean Service de la NOAA)

    Bien que l'on en sache aujourd'hui plus que jamais sur la vie microbienne, la grande majorité de ce monde invisible reste inexplorée. Les microbiologistes continuent de découvrir de nouvelles façons dont les microbes profitent aux humains et les menacent.

    • 1.1 : Ce que savaient nos ancêtres
      Les microorganismes (ou microbes) sont des organismes vivants qui sont généralement trop petits pour être vus sans microscope. Tout au long de l'histoire, les humains ont utilisé des microbes pour fabriquer des aliments fermentés tels que la bière, le pain, le fromage et le vin. Bien avant l'invention du microscope, certaines personnes pensaient que les infections et les maladies se transmettaient par des êtres vivants trop petits pour être vus. Ils ont également correctement compris certains principes concernant la propagation des maladies et l'immunité.
    • 1.2 : Une approche systématique
      Carolus Linnaeus a développé un système taxonomique pour classer les organismes en groupes apparentés. La nomenclature binomiale attribue aux organismes des noms scientifiques latinisés avec une désignation de genre et d'espèce. Un arbre phylogénétique est un moyen de montrer comment différents organismes sont supposés être liés les uns aux autres d'un point de vue évolutif. Le premier arbre phylogénétique contenait des règnes pour les plantes et les animaux ; Ernst Haeckel a proposé d'ajouter un royaume pour les protistes.
    • 1.3 : Types de microorganismes
      Les microorganismes sont très divers et se trouvent dans les trois domaines de la vie : les archées, les bactéries et les eucaryas. Les archées et les bactéries sont classées dans la catégorie des procaryotes parce qu'elles n'ont pas de noyau cellulaire. Les archées diffèrent des bactéries en termes d'histoire évolutive, de génétique, de voies métaboliques et de composition des parois et des membranes cellulaires. Les archées vivent dans presque tous les environnements de la planète, mais aucune archée n'a été identifiée comme pathogène pour l'homme.
    • 1.E : Un monde invisible (exercices)

    Notes

    1. 1 J. Hulcer et coll. « Une jungle là-dedans : les bactéries présentes dans les nombril sont très diverses, mais prévisibles. » PLoS ONE 7 n° 1 (2012) : e47712. doi:10.1371/journal.pone.0047712.

    Vignette : Une grappe de bactéries Escherichia coli agrandie 10 000 fois. (Domaine public ; Eric Erbe, colorisation numérique par Christopher Pooley, tous deux de l'USDA, de l'ARS, de l'EMU).