Skip to main content
Global

D：临床相关微生物分类法

  1. Last updated
  2. Save as PDF
  • Page ID
    200346

    • \( \newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} } \) \( \newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}} \)\(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\)\(\newcommand{\AA}{\unicode[.8,0]{x212B}}\)

    细菌病原体

    下表列出了文本中提到的致病性真细菌的种类和一些更高的群体。 细菌是生命的三个领域之一，随着遗传序列采样使关系变得更加清晰，细菌的分类在不断变化。 所有分类学层面的许多群体与细菌系统发育树的其他成员仍有不确定的关系。 Bergey 的《古细菌和细菌系统学手册》保留了已发布的原核生物物种清单和描述。 此处的表格遵循了 Bergey 手册分类学大纲中的分类组织结构。 1

    我们将这些物种划分为与不同细菌门相对应的表格。 原核生物分类法中不使用王国的分类学等级，因此 phyla 是域下方的子分组。 请注意，这些表中没有列出许多细菌 phyla。 物种和属仅在每个 phylum 的类别下列出。 细菌的名称受国际系统学委员会或原核生物委员会维护的《国际细菌命名法典》的管制。

    表\(\PageIndex{1}\)：Phylum Actinobacteria
    班级 属 物种 相关疾病
    放线菌 棒状杆菌 白喉 白喉
    Gardnerella 阴道炎 细菌性阴道炎
    微球菌   机会性感染
    分枝杆菌 bovis 肺结核，主要发生在牛身上
    分枝杆菌 麻风病 汉森氏病
    分枝杆菌 肺结核 肺结核
    丙酸杆菌 粉刺 青春痘、睑缘炎、眼内炎

     

    表\(\PageIndex{2}\)：Phylum Bacteroidetes
    班级 属 物种 相关疾病
    Bacteroidia 卟啉单胞菌   牙周病
    Prevotella intermedia 牙周病

     

    表\(\PageIndex{3}\)：Phylum Chlamydiae
    班级 属 物种 相关疾病
    衣原体 衣原体 psittaci 鹦鹉热
    衣原体 沙眼 性传播衣原体

     

    表\(\PageIndex{4}\)：Phylum Firmicutes
    班级 属 物种 相关疾病
    芽孢杆菌 芽孢杆菌 炭疽病 炭疽病
    芽孢杆菌 cereus 腹泻和催吐性食物中毒
    李斯特菌 单核细胞增生 李斯特菌病
    肠球菌 粪便 心内膜炎、败血症、尿路感染、脑膜炎
    葡萄球菌 金黄色葡萄球菌 皮肤感染、鼻窦炎、食物中毒
    葡萄球菌 表皮炎 医院感染和机会性感染
    葡萄球菌 人类 机会性感染
    葡萄球菌 saprophyticus 尿路感染
    链球菌 galactiae 产后感染、新生儿败血症
    链球菌 变种人 蛀牙
    链球菌 肺炎 肺炎，许多其他感染
    链球菌 化脓性 咽炎、猩红热、脓疱病、坏死性筋膜炎
    梭状芽孢杆菌 梭状芽孢杆菌 肉毒杆菌 肉毒杆菌中毒
    梭状芽孢杆菌 艰难 结肠炎
    梭状芽孢杆菌 perfringens 食物中毒、气性坏疽
    梭状芽孢杆菌 破伤风 破伤风

     

    表\(\PageIndex{5}\)：Phylum Fusobacteria
    班级 属 物种 相关疾病
    Fusobacteriia Fusobacterium   牙周病、勒米尔综合征、皮肤溃疡
    链杆菌 moniliformis 老鼠咬热

     

    表\(\PageIndex{6}\)：Phylum Proteobacteria
    班级 属 物种 相关疾病
    Alphaproteobacteria 无形体 phagocytophilum 人粒细胞无形体病
    巴尔通体 henselae 盆腔炎肝炎、杆菌血管瘤病、心内膜炎、菌血症
    巴尔通体 金塔纳 战壕热
    布鲁氏菌 melitensis Ovine brucellosis
    Ehrlichia chaffeensis 人类单核埃利希氏增多症
    立克次氏体 prowazekii 流行性斑疹伤寒
    立克次氏体 rickettsii 落基山斑疹热
    立克次氏体 typhi 小鼠斑疹伤寒
    betaproteobacteria Bordetella 百日咳 百日咳
    Eikenella   咬伤感染
    奈瑟里亚 淋病 淋病
    奈瑟里亚 脑膜炎 脑膜炎
    Spirillum 减号（alt.minor） Sodoku（老鼠咬伤热）
    Epsilonproteobacteria 弯曲杆菌 空肠 胃肠炎，吉兰-巴雷综合征
    幽门螺杆菌 幽门 胃溃疡
    Gammaproteobacteria Aeromonas 亲水 痢疾胃肠炎
    Coxiella burnetii Q 发烧
    肠杆菌   尿路和呼吸道感染
    Escherichia 大肠杆
    菌菌株：产
    志贺毒素（STEC）（例如 O157: H7）也称为肠出血性大肠杆菌（EHEC）或产生 verocytoxin 的大肠杆菌（VTEC）    		 食源性腹泻疫情、出血性结肠炎、溶血性尿毒症综合征
    Escherichia 大肠杆菌菌
    株：产生
    肠毒素的大肠杆菌（ETEC）    		 旅行者腹泻
    Escherichia 大肠杆菌菌
    株：
    肠致病性大肠杆菌（EPEC）    		 腹泻，尤其是幼儿
    Escherichia 大肠杆菌菌
    株：
    肠聚集型大肠杆菌（EAEC）    		 儿童和旅行者的腹泻病
    Escherichia 大肠杆菌菌
    株：
    弥漫性粘附的大肠杆菌（DAEC）    		 儿童腹泻病
    Escherichia 大肠杆菌菌
    株：
    肠侵入性大肠杆菌（EPEC）    		 杆菌性痢疾，细胞侵入肠道上皮细胞
    弗朗西塞拉 tularensis 土拉菌病
    嗜血杆菌 杜克雷 软下
    嗜血杆菌 流感 菌血症、肺炎、脑膜炎
    克雷伯氏菌 肺炎 肺炎、医院感染
    军团菌 嗜肺病 军团病
    莫拉氏菌 catarrhalis 中耳炎、支气管炎、鼻窦炎、喉炎、肺炎
    巴氏杆菌   巴氏杆菌病
    Plesiomonas shigelloides 胃肠炎
    Proteus   机会性尿路感染
    假单胞菌 铜绿假单胞菌 机会主义、医院肺炎和败血症
    沙门氏菌 bongori 沙门氏菌病
    沙门氏菌 肠道炎 沙门氏菌病
    Serratia   肺炎、尿路感染
    志贺氏菌 boydii 痢疾
    志贺氏菌 痢疾 痢疾
    志贺氏菌 flexneri 痢疾
    志贺氏菌 sonnei 痢疾
    弧菌 霍乱 霍乱
    弧菌 parahemolyticus 海鲜肠胃炎
    弧菌 vulnificus 海鲜胃肠炎、坏死性伤口感染、败血症
    耶尔森氏菌 小肠结肠炎 耶尔森氏病
    耶尔森氏菌 鼠疫 鼠疫
    耶尔森氏菌 假结核 远东猩红样热

     

    表\(\PageIndex{7}\)：Phylum Spirochaetes
    班级 属 物种 相关疾病
    Spirochaetia 疏螺旋体 burgdorferi 莱姆病
    疏螺旋体 Hermsii 蜱传复发热
    疏螺旋体 复发 路易斯传播的复发热
    钩端螺旋体 讯问 钩端螺旋体病
    密螺旋体 pallidum 梅毒、bejel、pinta、yas

     

    表\(\PageIndex{8}\)：Phylum Tenericutes
    班级 属 物种 相关疾病
    Mollicutes 支原体 genitalium 尿道炎、宫颈炎
    支原体 人类 盆腔炎、细菌性阴道炎
    支原体 肺炎 肺炎@@ 支原体
    脲原体 urealyticum 尿道炎、胎儿感染

    病毒病原体

    有几种病毒分类系统。 国际病毒分类委员会（ICTV）是负责病毒分类规则的国际科学机构。 此处使用的ICTV系统根据遗传相似性和假定的单系对病毒进行分组。 病毒分类系统与细胞生物分类系统是分开的。 ICTV 系统将病毒分为七个顺序，其中包含相关家族。 目前，有大量未分配的家庭与这七项命令的亲属关系不明。 其中三个命令仅感染真细菌、古细菌或植物，未出现在本表中。 有些家族可以分为亚科。 还有许多未分配的属。 像所有分类法一样，病毒分类学也在不断变化。 最新的完整物种清单和分类可以在ICTV网站上获得。 2

    标题为 “病毒病原体” 的表格提供了有关顺序、家族、亚科、属、物种和相关疾病的信息。 订购 Herpesvirales、Herpesviridae 家族、betaherpesvirinae 亚科、人类巨细胞病毒组、人类疱疹病毒 5 物种，相关疾病是巨细胞病毒肝炎和免疫功能低下人群的其他感染。 要订购 Herpesvirales、Herpesviridae 家族、gammaHerpesvirinae 亚科、淋巴隐病毒属、人类疱疹病毒 4（HHV-4；爱泼斯坦-巴尔病毒）物种，相关的疾病是传染性单核细胞增多症。 订购 Herpesvirales、Herpesviridae 家族、alphaherpesvirinae 亚科、simplexvirus 属、人类疱疹病毒 1、人类疱疹病毒 2、相关疾病是单纯疱疹病毒 1、单纯疱疹病毒 2。 订购 Herpesvirales、Herpesviridae 家族、alphaherpesvirinae 亚科、水痘病毒属、人类疱疹病毒 3 物种、相关疾病水痘、带状疱疹。 订购 mononegavirales、filoviridae 家族、alphaherpesvirinae 亚科、埃博拉病毒属、扎伊尔埃博拉病毒（EBOV）物种，相关疾病是埃博拉。 对于订购 mononegavirales、filoviridae 家族、马尔堡病毒属、马尔堡病毒（MARV）物种，相关疾病是马尔堡病毒病。 订购 mononegavirales、rhabdoviridae 家族、lyssavirus 属、狂犬病病毒物种，相关疾病是狂犬病。 订购 mononegavirales、paramyxoviridae 家族、pneumovirinae 亚科、肺病毒属、物种人类呼吸道合胞病毒，相关疾病是下呼吸道感染。 订购 mononegavirales、paramyxoviridae 家族、paramyxovirinae 亚科、morbillivirus 属、麻疹病毒物种，相关疾病是麻疹（rubeola）。 订购Nidovirales、冠状病毒科家族、冠状病毒亚科、冠状病毒属，相关疾病是普通感冒、肺炎、SARS。 订购 picornavirales、picornaviridae 家族、肝病毒属、甲型肝炎病毒物种，相关疾病是 A 型肝炎。订购 picornavirales、picornaviridae 家族、肠病毒属、肠道病毒 C 物种，相关疾病是脊髓灰质炎。 要订购 picornavirales、picornaviridae 家族、肠病毒属、鼻病毒 A 物种，相关疾病是普通感冒。 要订购 picornavirales、picornaviridae 家族、肠病毒属、鼻病毒 B 种，相关疾病是普通感冒。 要订购 picornavirales、picornaviridae 家族、肠病毒属、鼻病毒 C 物种，相关疾病是普通感冒。 此表中的其余条目未在订单类别中分配。 在腺病毒（乳腺病毒属）家族中，相关疾病是呼吸道感染和其他感染。 在 arenaviridae 家族、mammarenavirus 属、lassa mammarenavirus 物种中，相关的疾病是拉沙热。 对于 astroviridae 家族来说，相关的疾病是胃肠炎。 对于汉坦病毒属 bunyaviridae 家族来说，有几个物种，相关的疾病是汉坦病毒伴肾综合征出血热（HFRS）、汉坦病毒肺综合征（HPS）。 对于Bunyaviridae家族，奈罗病毒属，克里米亚-刚果出血热病毒（CCHF）物种，相关的疾病是克里米亚-刚果出血热。 对于 caliciviridae 家族（诺如病毒属、诺沃克病毒）来说，相关的疾病是胃肠炎。
    图\(\PageIndex{1}\)
    标题为 “病毒病原体（续）” 的表格提供了有关顺序、家族、亚科、属、物种和相关疾病的信息。此表中的所有条目均未按顺序类别分配。 对于 flaviviriadae 家族、黄病毒属、登革病毒物种来说，相关的疾病是登革热。 对于 flaviviriadae 家族、黄病毒属、黄热病病毒种来说，相关的疾病是黄热病。 在 flaviviriadae 家族、肝病毒属、物种丙型肝炎病毒中，相关疾病是丙型肝炎。对于 hepadnaviridae 家族、orthohepadnavirus 属、乙型肝炎病毒物种来说，相关疾病是乙型肝炎对于 Hepeviridae 家族、orthohepevirus 属物种相关疾病是乙型肝炎。对于 orthomyxoviridae 家族、流感病毒 A 属、流感病毒 A 种来说，相关的疾病是大流行性流感。 对于 orthomyxoviridae 家族、流感病毒 B 属、流感病毒 B 种来说，相关的疾病是流感。 对于 orthomyxoviridae 家族、流感病毒 C 属、流感病毒 C 种来说，相关的疾病是流感。 对于 papillomaviridae 家族、alphapapillomavirus 属、人类乳头瘤病毒物种来说，相关的疾病是皮肤疣。 对于 parvoviridae 家族、parvovirinae 亚科、erythroparvivirus 属、人类细小病毒 B 19 物种来说，相关疾病是第五种疾病（感染性红斑）。 对于 poxviridae 家族、chordopoxvirinae 亚科、orthopoxvirus 属、天花病毒物种来说，相关的疾病有 variola major、variola minor（天花）。 对于 poxviridae 家族、chordopoxvirinae 亚科、orthopoxvirus 属、痘苗病毒种来说，相关的疾病是牛痘。 对于 reoviridae 家族、sedoreovirinae 亚科、轮状病毒属、八种物种来说，相关的疾病是胃肠炎。 对于 retroviridae 家族、orthortrovirinae 亚科、慢病毒属、人类免疫缺陷病毒物种来说，相关的疾病是艾滋病。 对于 togaviridae 家族、α病毒属、基孔肯雅病毒（CHIKV）物种来说，相关的疾病是基孔肯雅热。 对于 togaviridae 家族、风疹病毒属、风疹病毒属来说，相关的疾病是风疹（德国麻疹）。 对于未分配的顺序，三角病毒属，丁型肝炎病毒物种，相关疾病是丁型肝炎。
    图\(\PageIndex{2}\)

    真菌病原体

    真菌是 Eukarya 领域的王国之一。 真菌与动物和其他一些小群体的关系最为密切，与植物和其他以前被归类为原生生物的其他群体的关系更为遥远。 目前，真菌分为七个 phyla（或分区，与用植物研究真菌时相比有所延续），但某些关系存在不确定性。 3 许多真菌群体，特别是那些以前被归类为 phylum Zygomycota（不是单系的）的真菌与其他真菌的关系不确定。 本表中列出的属于该类别的一个物种是 Rhizopus arrhizus。 真菌名称受《国际藻类、真菌和植物命名法典》4 管辖，但国际真菌分类学委员会（ICTF）也促进真菌分类学工作。 ICTF的一项活动是宣传医学和其他重要真菌物种的名称变更。 许多以前有两个名字（一个代表性形态，一个代表无性形态）的物种现在被归为同一个名字。

    表\(\PageIndex{9}\)：真菌病原体
    部门 属 物种 相关疾病
    Ascomycota 曲霉属 flavus 机会主义曲霉病
    曲霉属 fumigatus 机会主义曲霉病
    Blastomyces 皮炎 芽生菌病
    念珠菌 白色的 鹅口疮（念珠菌病）
    Coccidioides immitis 谷热（球孢子菌病）
    Epidermophyton   Tinea corporis（癣）、tinea cruris（jock itch）、tinea pedis（althlete's foot）、tinea unguium（甲真菌病）
    组织质体 capsulatum 组织胞浆菌病
    小孢子   Tinea capitis（癣）、癣（癣）、其他皮肤癣病
    肺孢子虫 jirovecii 机会性肺炎
    Sporothrix schenckii Sporotrichosis（玫瑰汉德氏病）
    Trichophyton mentagrophytes var。 interdigitale Tinea barbae（理发师之痒）、dermatophytoses
    Trichophyton rubrum Tinea corporis（癣）、tinea cruris（jock itch）、tinea pedis（althlete's foot）、tinea unguium（甲真菌病）
    Basidiomycota 隐球菌 Neoformans 机会性隐球菌病、真菌性脑膜炎、脑炎
    马拉色菌   头皮屑、花斑癣
    不确定的 根茎 arrhizus Mucormycosis

    原生动物病原体

    与二三十年前相比，以前被归类为Protists的生物（以及它们的分类法）之间的关系比二三十年前更容易理解，但这项工作仍在进行中。 2005 年，Eukarya 被划分为六个超级组。 5 最新的高级分类结合了之前的两个超级组，生成了一个由五个超级组组成的系统。 6 该分类是为原生动物学家学会开发的，但它不是唯一建议的方法。 五个超级群体之一包括动物、真菌和一些较小的抗议群体。 另一个包含绿色植物和三个藻类。 其他三个超级群体（在下面的三张表中列出）包含其他原生生物，其中许多会导致疾病。 此外，还有许多抗议团体的关系不为人所知。 在此所示的三个超级组中，我们指出了所列病原体所属的门类。

    表\(\PageIndex{10}\)：Supergroup Amoebozoa
    Phylum 属 物种 相关疾病
    Amoebozoa Aanthamoeba   肉芽肿性阿米巴脑炎、棘阿米巴角膜炎
    Entamoeba 组织溶解症 Enterobiasis

     

    表\(\PageIndex{11}\)：Supergroup SAR（Stramenopiles、Alveolata、Rhizaria）
    Phylum 属 物种 相关疾病
    Apicomplexa 巴贝西亚   巴贝斯虫病
    隐孢子虫 人类 隐孢子虫病
    隐孢子虫 parvum 隐孢子虫病
    Cyclospora cayetanensis 胃肠炎
    疟原虫 恶性疟原虫 疟疾
    疟原虫 疟疾 “良性” 或 “quartan”（3 天反复发热）疟疾
    疟原虫 椭圆形 “Tertian”（2 天反复发热）疟疾
    疟原虫 vivax “良性” “tertian”（2 天反复发热）疟疾
    疟原虫 knowlesi 灵长类疟疾能够导致人畜共患病、quotidian 热
    弓形虫 gondii 弓形虫病

     

    表\(\PageIndex{12}\)：超级组 Exculata
    Phylum 属 物种 相关疾病
    Metamonada 贾第鞭毛虫 lamblia 贾第鞭毛虫病
    滴虫 阴道炎 滴虫病
    Euglenozoa 利什曼尼亚 braziliensis 利什曼病
    利什曼尼亚 donovani 利什曼病
    利什曼尼亚 tropica 皮肤利什曼病
    锥虫 brucei 非洲昏睡病（非洲锥虫病）
    锥虫 克鲁兹 恰加斯病
    Percolozoa Naegleria fowleri 原发性阿米巴脑膜脑炎（naegleriasis）

    寄生蠕虫

    寄生虫的分类法仍然存在许多不确定性，它们都属于Animalia王国。 致病物种存在于两个 phyla 中：线虫或蚯蚓，以及 Platyhelminthes 或扁虫。 线虫暂时分为两类 7，其中一类 Chromadorea 可能包含不相关的群体。 寄生扁虫包含在三类扁虫中，其中两类对人类很重要，即吸虫和 cestodes。

    表\(\PageIndex{13}\)：Phylum Nematoda
    班级 属 物种 相关疾病
    Chromadorea Ancylostoma caninum 狗钩虫感染
    Ancylostoma duodenale 旧世界钩虫感染
    Ascaris lumbricoides 蚜虫病
    Enterobius vermicularis 肠虫病（针虫）
    Loa loa Loa loa 丝虫病（眼虫）
    Necator americanus 坏死病（新世界钩虫感染）
    Strongyloides stercoralis Strongyloidiasis
    Enoplea 旋毛虫 螺旋 旋毛虫病
    Trichuris trichiura 滴虫病（鞭虫感染）

     

    表\(\PageIndex{14}\)：Phylum Platyhelminthes
    班级 属 物种 相关疾病
    Trematoda Clonorchis sinensis 中国肝吸虫
    Fasciolopsis buski Fasciolopsiasis
    Fasciola gigantica 筋膜炎
    Fasciola 肝炎 筋膜炎
    Opisthorchis 猫科动物 Opisthorchiasis
    Opisthorchis viverrini Opisthorchiasis
    血吸虫 haematobium 尿系血吸虫病
    血吸虫 japonicum 血吸虫病
    血吸虫 曼索尼 肠道血吸虫病
    塞斯托达 Diphyllobothrium latum Diphyllobothriosis
    棘球菌 granulosus 包虫囊肿（囊性包虫病）
    棘球菌 multilocularis 棘球菌病
    Taenia asiatica 肠道绦虫病
    Taenia saginata 肠道绦虫病
    Taenia solium 肠道绦虫病、囊尾虫病

    脚注

    1. 1 Bergey 的手动信任。 Bergey 的《古细菌和细菌系统学手册》，《分类学概要》。2012 年。 http://www.bergeys.org/outlines.html
    2. 2 国际病毒分类学委员会。 “ICTV 大师物种清单。” http://talk.ictvonline.org/files/ict...l/default.aspx
    3. 3 D. S. Hibbett 等人。 “真菌的更高级别的系统发育分类。” 真菌学研究 111 第 5 期 (2007): 509—547。
    4. 4 J. McNeill 等人。 《国际藻类、真菌和植物命名法》（《墨尔本法典》）。 德国奥伯雷弗内格。 Koeltz 科学图书；2012 年。 http://www.iapt-taxon.org/nomen/main.php？
    5. 5 S.M. Adl 等人 “真核生物的新更高级别分类，重点是原生生物的分类法。” 真核微生物学杂志 52 第 5 期 (2005): 399—451。
    6. 6 S.M. Adl 等人 “真核生物的修订分类。” 真核微生物学杂志 59 第 5 期 (2012): 429—514。
    7. 7 国家生物技术信息中心。 “分类浏览器：线虫。” http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy...ax.cgi？ id=6231