3.17: קישור גנים: סיבוך אחד נוסף
עד כה, לא דאגנו יתר על המידה מארגון הגנים באורגניזם. יכול להיות שכל גן מתנהג כמו אובייקט מבודד, אך למעשה זה לא המקרה. אנחנו מביאים את זה לכאן כי האופן שבו הגנים מאורגנים יכול, למעשה, להשפיע על תהליכים אבולוציוניים. בניתוחים הגנטיים המקוריים שלו, גרגור מנדל (1822—1884) בילה זמן לא מבוטל בחיפוש אחר גנים ואללים "מתנהגים היטב", אלה שהציגו התנהגויות רצסיביות ודומיננטיות פשוטות ופעלו כאילו הם עצמאיים לחלוטין זה מזה. אבל מהר מאוד התברר שהתנהגויות אלה אינן האופן שבו רוב הגנים מתנהגים. למעשה, גנים פועלים כאילו הם קשורים זה לזה, מכיוון שהם (כפי שנראה, קישור גנים נובע מארגון הגנים בתוך מולקולות ה- DNA.) אז מה קורה כאשר אלל מסוים של גן מסוים נבחר מאוד בעד או נגד, בהתבסס על השפעותיו על הצלחת הרבייה? אלל זה, יחד עם כל האללים שנמצאים בגנים הממוקמים בקרבתו, נבחרים גם הם. אנו יכולים לחשוב על זה כעל אפקט של סטנדר (או לפעמים מכונה "פיגי-גב"), שבו אללים נבחרים לא בגלל ההשפעות הטבועות שלהם על הצלחת הרבייה, אלא מיקומם בתוך הגנום.
קישור בין גנים אינו מצב קבוע. כפי שנראה לקראת סוף הקורס, ישנם תהליכים שיכולים לערבב את האללים (גרסאות של גנים) בכרומוזומים, שהתוצאה הסופית שלהם היא שככל ששני גנים רחוקים יותר זה מזה בכרומוזום, כך סביר יותר שהאללים של אותם גנים ייראו לא מקושרים. לאורך מרחק מסוים, הם תמיד ייראו לא מקושרים. המשמעות היא שהשפעות ההצמדה יאבדו בסופו של דבר, אך לאו דווקא לפני שתוקנו אללים מסוימים. לדוגמה, בחירה חזקה במיוחד עבור אלל מסוים של גן A יכולה להוביל לקיבוע של אללים מזיקים במידה קלה, באזורים שכנים. אנו מתייחסים למיקום של גן מסוים בתוך הגנום כאל מוקד גנטי (או ברבים, לוקוסים). בלטינית לוקוס פירושו 'מקום' (חשוב מיקום, שמקורו באותו שורש). לוקוס גנטי מסוים יכול להיות תפוס על ידי כל אחד ממספר אללים מובחנים (רצפי DNA). כפי שנראה, ישנם מנגנונים שונים שיכולים לשכפל, למחוק או להעביר בתוך הגנום אזור של DNA, ליצור (או לחסל) לוקוסים גנטיים חדשים. הפנוטיפ הקשור לאלל משפיע על הלוקוס הגנטי שלו, כמו גם מפרטי שאר הגנום.
ראוי לציין שהשילוב של תהליכים לא מסתגלים, לא סלקטיביים, יכול להוביל להופעה ותחזוקה של תכונות לא מועילות קלות בתוך אוכלוסייה. באופן דומה, תכונה המגבירה את הצלחת הרבייה, על ידי הגדלת מספר הצאצאים ששרדו, עשויה להיות קשורה להשפעות אחרות לא כל כך מועילות, ומתישהו מזיקות (ליחידים). המפתח הוא לזכור שמנגנונים אבולוציוניים אינם בהכרח גורמים למה שהכי טוב לאורגניזם אינדיבידואלי אלא מה שבסופו של דבר משפר את הצלחת הרבייה נטו. תהליכים אבולוציוניים אינם בוחרים עבור גנים מסוימים (נשקול כיצד גנים חדשים מופיעים בהמשך) או גרסאות חדשות של גנים אלא עבור אותם שילובי גנים המייעלים את הצלחת הרבייה. לאור זה, לדבר על גנים אנוכיים, כאילו גן יכול להתקיים מחוץ לאורגניזם, לא הגיוני.
כמובן, המצב נעשה מורכב יותר כאשר מנגנונים אבולוציוניים מייצרים אורגניזמים, כמו בני אדם, שמרגישים ויכולים להתנגד באופן פעיל לתוצאות של תהליכים אבולוציוניים. מנקודת מבטם של אורגניזמים המודעים לעצמם, האבולוציה יכולה להיראות אכזרית. זו הייתה אחת הסיבות לכך שדרווין העדיף מנגנונים לא אישיים (נטורליסטיים) על פני הרעיון של אלוהים האחראי למה שיכול להיראות כהיבטים אכזריים ללא תמורה של הבריאה.