D: טקסונומיה של מיקרואורגניזמים רלוונטיים קלינית
- Page ID
- 208930
פתוגנים חיידקיים
הטבלאות הבאות מפרטות את המינים, וכמה קבוצות גבוהות יותר, של אובקטריה פתוגנית המוזכרת בטקסט. הסיווג של חיידקים, אחד משלושת תחומי החיים, נמצא בשטף מתמיד ככל שהיחסים מתבהרים באמצעות דגימה של רצפים גנטיים. לקבוצות רבות בכל הרמות הטקסונומיות עדיין יש קשר לא מוגדר עם חברים אחרים בעץ הפילוגנטי של החיידקים. המדריך לשיטתיות של ברגי של ארכאה וחיידקים שומר רשימה ותיאורים שפורסמו של מינים פרוקריוטים. הטבלאות כאן עוקבות אחר הארגון הטקסונומי במתווה הטקסונומי הידני של ברגי. 1
חילקנו את המין לטבלאות המתאימות לפילות חיידקיות שונות. הדרגה הטקסונומית של הממלכה אינה משמשת בטקסונומיה של פרוקריוטים, ולכן הפילות הן תת-הקבוצה מתחת לתחום. שים לב כי פילות חיידקיות רבות אינן מיוצגות על ידי טבלאות אלה. המינים והסוגים רשומים רק תחת הכיתה בתוך כל פילום. השמות שניתנו לחיידקים מוסדרים על ידי הקוד הבינלאומי של המינוח של חיידקים כפי שמתוחזק על ידי הוועדה הבינלאומית לשיטתיות או פרוקריוטים.
כיתה | סוג | מינים | מחלות קשורות |
---|---|---|---|
אקטינובקטריה | קורינבקטריום | דיפתריה | דיפתריה |
גרדנרלה | וגינליס | וגינוזיס בקטריאלי | |
מיקרוקוקוס | זיהומים אופורטוניסטיים | ||
מיקובקטריום | בוביס | שחפת, בעיקר בבקר | |
מיקובקטריום | לפרה | מחלת הנסן | |
מיקובקטריום | שחפת | שחפת | |
פרופיוניבקטריום | אקנס | אקנה, בלפריטיס, אנדופטלמיטיס |
כיתה | סוג | מינים | מחלות קשורות |
---|---|---|---|
בקטריואידיה | פורפירומונאס | מחלת חניכיים | |
פרבוטלה | אינטרמדיה | מחלת חניכיים |
כיתה | סוג | מינים | מחלות קשורות |
---|---|---|---|
כלמידיה | כלמידיה | פסיטאצ'י | פסיטקוזיס |
כלמידיה | טרכומטיס | כלמידיה המועברת במגע מיני |
כיתה | סוג | מינים | מחלות קשורות |
---|---|---|---|
בצילי | בצילוס | אנתרציס | אנתרקס |
בצילוס | סראוס | שלשול והרעלת מזון אמטית | |
ליסטריה | מונוציטוגנים | ליסטריוזיס | |
אנטרוקוקוס | צואה | אנדוקרדיטיס, ספטימיה, דלקות בדרכי השתן, דלקת קרום המוח | |
סטפילוקוקוס | אוראוס | דלקות עור, סינוסיטיס, הרעלת מזון | |
סטפילוקוקוס | אפידרמידיס | זיהומים נוזוקומיים ואופורטוניסטיים | |
סטפילוקוקוס | הומיניס | זיהומים אופורטוניסטיים | |
סטפילוקוקוס | ספרופיטיקוס | דלקות בדרכי השתן | |
סטרפטוקוקוס | אגלקטיה | זיהום לאחר לידה, אלח דם בילודים | |
סטרפטוקוקוס | מוטאנים | עששת | |
סטרפטוקוקוס | דלקת ריאות | דלקת ריאות, זיהומים רבים אחרים | |
סטרפטוקוקוס | פיוגנים | דלקת הלוע, קדחת ארגמנית, אימפטיגו, דלקת נמק | |
קלוסטרידיה | קלוסטרידיום | בוטולינום | הרעלת בוטולינום |
קלוסטרידיום | דיפיסיל | קוליטיס | |
קלוסטרידיום | פרפרינגנס | הרעלת מזון, גנגרן גז | |
קלוסטרידיום | טטני | טטנוס |
כיתה | סוג | מינים | מחלות קשורות |
---|---|---|---|
פוסובקטריה | פוסובקטריה | מחלת חניכיים, תסמונת למייר, כיבים בעור | |
סטרפטובצילוס | מוניליפורמיס | קדחת עקיצת חולדה |
כיתה | סוג | מינים | מחלות קשורות |
---|---|---|---|
אלפפרוטובקטריה | אנפלסמה | פגוציטופילום | אנפלזמוזיס גרנולוציטי אנושי |
ברטונלה | הנסלה | הפטיטיס Peliosis, אנגיומטוזיס bacillary, אנדוקרדיטיס, בקטרמיה | |
ברטונלה | קינטנה | קדחת תעלה | |
ברוסלה | מליטנסיס | ברוצלוזיס אובין | |
ארליכיה | צ'אפינסיס | ארליכיוזיס מונוציטי אנושי | |
ריקטסיה | פרוואזקי | מגיפת טיפוס | |
ריקטסיה | ריקטסי | קדחת מנומרת בהר הרוקי | |
ריקטסיה | טייפי | טיפוס מורין | |
בטפרוטובקטריה | בורדלה | שעלת | שעלת |
אייקנלה | זיהומים בפגיעת נשיכה | ||
נייסריה | זיבה | זיבה | |
נייסריה | מנינגיטידיס | דלקת קרום המוח | |
ספירילום | מינוס (אלטי מינור) | סודוקו (קדחת עקיצת חולדה) | |
אפסילון-פרוטאובקטריה | קמפילובקטר | ג'ג'וני | גסטרואנטריטיס, תסמונת גווילין-בארה |
ליקובקטר | פילורי | כיבי קיבה | |
גמפרוטובקטריה | אירומונס | הידרופילה | דיזנטריה גסטרואנטריטיס |
קוקסיאלה | כוויות | קדחת Q | |
אנטרובקטר | דלקות בדרכי השתן והנשימה | ||
אשריצ'יה | זני קולי: ייצור רעלן שיגה (STEC) (למשל, O157: H7) נקרא גם אי - קולי אנטרומורגי (EHEC) או אי - קולי המייצר ורוציטוטוקסין (VTEC) |
התפרצויות שלשול הנישאות במזון, קוליטיס המורגי, תסמונת המוליטית-אורמית | |
אשריצ'יה | זן קולי: אי - קולי אנטרוטוקסיגני (ETEC) |
שלשול של מטייל | |
אשריצ'יה | זן קולי: אי - קולי אנטרופתוגני (EPEC) |
שלשול, במיוחד אצל ילדים צעירים | |
אשריצ'יה | זן קולי: אנטרואגרגטיבי אי - קולי (EAEC) |
מחלת שלשול אצל ילדים ומטיילים | |
אשריצ'יה | זן coli: דבק באופן מפוזר אי - קולי (DAEC) |
מחלת שלשול של ילדים | |
אשריצ'יה | זן קולי: אי - קולי אנטרו-פולשני (EPEC) |
דיזנטריה ביסילרית, תאים פולשים לתאי אפיתל מעיים | |
פרנסיסלה | טולארנסיס | טולרמיה | |
המופילוס | דוקריי | צ'נקרואיד | |
המופילוס | שפעת | בקטריה, דלקת ריאות, דלקת קרום המוח | |
קלבסיאלה | דלקת ריאות | דלקת ריאות, דלקות נוזוקומיאליות | |
לגיונלה | דלקת ריאות | מחלת הלגיונר | |
מורקסלה | קטרהליס | דלקת אוזן תיכונה, ברונכיטיס, סינוסיטיס, דלקת גרון, דלקת ריאות | |
פסטורלה | פסטורלוזיס | ||
פלסיומונס | שיגלואידים | דלקת במערכת העיכול | |
פרוטאוס | דלקות בדרכי השתן אופורטוניסטיות | ||
פסאודומונס | אווירוגינוזה | דלקת ריאות אופורטוניסטית, נוזוקומיאלית ואלח דם | |
סלמונלה | בונגורי | סלמונלוזיס | |
סלמונלה | אנטריקה | סלמונלוזיס | |
סרטיה | דלקת ריאות, דלקות בדרכי השתן | ||
שיגלה | בוידיי | דיזנטריה | |
שיגלה | דיזנטריה | דיזנטריה | |
שיגלה | פלקסנרי | דיזנטריה | |
שיגלה | סוניי | דיזנטריה | |
ויבריו | כולרה | כולרה | |
ויבריו | פרהמוליטיקוס | גסטרואנטריטיס מאכלי | |
ויבריו | וולניפיקוס | גסטרואנטריטיס מאכלי ים, דלקות פצעים נמקיות, ספטימיה | |
ירסיניה | אנטרוקוליטיקה | ירסיניוזיס | |
ירסיניה | פסטיס | מגפה | |
ירסיניה | פסאודוטוברקולוזיס | קדחת דמוית ארגמן במזרח הרחוק |
כיתה | סוג | מינים | מחלות קשורות |
---|---|---|---|
ספירוכטיה | בורליה | בורגדורפרי | מחלת ליים |
בורליה | הרמסיי | קדחת חוזרת הנגרמת על ידי קרציות | |
בורליה | רקורנטיס | קדחת חוזרת ונשנית | |
לפטוספירה | חוקרים | לפטוספירוזיס | |
טרפונמה | פלידיום | עגבת, ביגל, פינטה, פיהוקים |
כיתה | סוג | מינים | מחלות קשורות |
---|---|---|---|
מוליקוטס | מיקופלזמה | גניטליום | דלקת מפרקים, צוואר הרחם |
מיקופלזמה | הומיניס | מחלות דלקתיות באגן, וגינוזיס בקטריאלי | |
מיקופלזמה | דלקת ריאות | דלקת ריאות של מיקופלסמה | |
אוראפלסמה | אוריאליטיקום | דלקת מפרקים, זיהומים בעובר |
פתוגנים נגיפיים
ישנן מספר מערכות סיווג עבור וירוסים. הוועדה הבינלאומית לטקסונומיה של וירוסים (ICTV) היא הגוף המדעי הבינלאומי האחראי לכללי הסיווג הנגיפי. מערכת ICTV המשמשת כאן מקבצת וירוסים המבוססים על דמיון גנטי ומונופיליה משוערת. מערכת הסיווג הנגיפי נפרדת ממערכת הסיווג של אורגניזמים תאיים. מערכת ICTV מקבצת וירוסים בשבע סדרים, המכילים משפחות קשורות. יש כיום מספר רב של משפחות לא מוקצות עם זיקה לא ידועה לשבעת המסדרים. שלושה מהסדרים הללו מדביקים רק את Eubacteria, Archaea או צמחים ואינם מופיעים בטבלה זו. חלק מהמשפחות עשויות להיות מחולקות לתת-משפחות. יש גם הרבה סוגים שלא הוקצו. כמו כל הטקסונומיות, הטקסונומיה הנגיפית נמצאת בשטף מתמיד. את רשימת המינים המלאה האחרונה ואת הסיווג ניתן להשיג באתר ICTV. 2
פתוגנים פטרייתיים
הפטריות הן אחת מממלכות התחום Eukarya. פטריות קשורות באופן הדוק ביותר לבעלי החיים ולכמה קבוצות קטנות אחרות וקשורות רחוק יותר לצמחים ולקבוצות אחרות שבעבר סווגו כפרוטסטים. נכון לעכשיו, הפטריות מחולקות לשבע פילות (או חלוקות, אחיזה מרגע שנחקרו פטריות עם צמחים), אך יש אי וודאות לגבי מערכות יחסים מסוימות. 3 לקבוצות רבות של פטריות, במיוחד אלה שסווגו בעבר בפילום Zygomycota, שלא היה מונופילטי, יש קשרים לא בטוחים עם הפטריות האחרות. המין היחיד המופיע בטבלה זו שנכנס לקטגוריה זו הוא Rhizopus arrhizus. שמות פטרייתיים נשלטים על ידי הקוד הבינלאומי של המינוח לאצות, פטריות וצמחים, 4 אך הוועדה הבינלאומית לטקסונומיה של פטריות (ICTF) מקדמת גם עבודה טקסונומית על פטריות. פעילות אחת של ה-ICTF היא פרסום שינויי שמות למינים פטרייתיים חשובים מבחינה רפואית ואחרת. מינים רבים שהיו להם בעבר שני שמות (אחד לצורה המינית ואחד לצורה הא-מינית) מתכנסים כעת תחת שם אחד.
חטיבה | סוג | מינים | מחלות קשורות |
---|---|---|---|
אסקומיקוטה | אספרגילוס | פלבוס | אספרגילוזיס אופורטוניסטי |
אספרגילוס | פומיגאטוס | אספרגילוזיס אופורטוניסטי | |
בלסטומיס | דרמטידיס | בלסטומיקוזיס | |
קנדידה | אלביקנס | קיכלי (קנדידה) | |
קוקסידיואידים | אימיטיס | קדחת העמק (קוקסידיואידומיקוזיס) | |
אפידרמופיטון | טינאה קורפיס (גזזת), טינאה קרוריס (גירוד ג'וק), טינאה פדיס (כף הרגל של אלטלט), טינאה אונגויום (פטרת ציפורניים) | ||
היסטופלזמה | קפסולטום | היסטופלזמוזיס | |
מיקרוספורום | טינאה קפיטיס (גזזת), קורפוס טינאה (גזזת), דרמטופיטוזות אחרות | ||
פנאומוציסטיס | ג'ירובצ'יי | דלקת ריאות אופורטוניסטית | |
ספורוטריקס | שנקי | ספורוטריכוזיס (מחלת מטפל ורדים) | |
טריכופיטון | מנטגרופיטים var. אינטרדיגיטל | טינאה ברבה (גירוד של ספר), דרמטופיטוזות | |
טריכופיטון | ראברום | טינאה קורפיס (גזזת), טינאה קרוריס (גירוד ג'וק), טינאה פדיס (כף הרגל של אלטלט), טינאה אונגויום (פטרת ציפורניים) | |
בסידיומיקוטה | קריפטוקוקוס | ניופורמנים | קריפטוקוקוזיס אופורטוניסטי, דלקת קרום המוח פטרייתית, דלקת המוח |
מלסציה | קשקשים, טינאה וריקולור | ||
לא בטוח | ריזופוס | ארהיזוס | מוקורמיקוזיס |
פתוגנים פרוטוזואנים
היחסים בין האורגניזמים (ובכך הטקסונומיה שלהם) שקובצו בעבר תחת השם פרוטיסטים מובנים טוב יותר ממה שהיו לפני שניים או שלושה עשורים, אך זו עדיין עבודה בתהליך. בשנת 2005 חולקו האוקריה לשש קבוצות-על. 5 הסיווג האחרון ברמה הגבוהה שילב שתיים מקבוצות העל הקודמות כדי לייצר מערכת הכוללת חמש קבוצות-על. 6 סיווג זה פותח עבור אגודת הפרוטוזואולוגים, אך זו אינה הגישה המוצעת היחידה. אחת מחמש קבוצות העל כוללת את בעלי החיים, הפטריות וכמה קבוצות פרוטיסטיות קטנות יותר. אחר מכיל צמחים ירוקים ושלוש קבוצות אצות. שלוש קבוצות העל האחרות (המפורטות בשלוש הטבלאות שלהלן) מכילות את הפרוטיסטים האחרים, רבים מהם הגורמים למחלות. בנוסף, יש מספר רב של קבוצות פרוטיסטיות שמערכות היחסים שלהן אינן מובנות. בשלוש קבוצות העל המיוצגות כאן ציינו את הפילה שאליה שייכים הפתוגנים המפורטים.
פילום | סוג | מינים | מחלות קשורות |
---|---|---|---|
אמבוזואה | אקנתמבה | דלקת המוח אמבית גרנולומטית, קרטיטיס אקנתמובי | |
אנטמבה | היסטוליטיקה | אנטרוביאזיס |
פילום | סוג | מינים | מחלות קשורות |
---|---|---|---|
אפיקומפלקסה | בבסיה | בבסיוזיס | |
קריפטוספורידיום | הומיניס | קריפטוספורידיוזיס | |
קריפטוספורידיום | פרוום | קריפטוספורידיוזיס | |
ציקלוספורה | קייטננסיס | דלקת במערכת העיכול | |
פלסמודיום | פלציפרום | מלריה | |
פלסמודיום | מלריה | מלריה "שפירה" או "קוורטן" (קדחת חוזרת של 3 ימים) | |
פלסמודיום | אובלי | "טרטיאן" (קדחת חוזרת של יומיים) מלריה | |
פלסמודיום | ויווקס | מלריה "שפירה" "טרטיאן" (קדחת חוזרת של יומיים) | |
פלסמודיום | נואלסי | מלריה פרימטית המסוגלת לזואנוזיס, קדחת קוטידיאן | |
טוקסופלזמה | גונדי | טוקסופלזמוזיס |
פילום | סוג | מינים | מחלות קשורות |
---|---|---|---|
מטמונדה | ג'יארדיה | למבליה | ג'יארדיאס |
טריכומונס | וגינליס | טריכומוניאזיס | |
יוגלנוזואה | לישמניה | ברזילינסיס | לישמניאזיס |
לישמניה | דונובני | לישמניאזיס | |
לישמניה | טרופיקה | לישמניאזיס עורית | |
טריפנוסומה | ברוסיי | מחלת שינה אפריקאית (טריפנוסומיאזיס אפריקאי) | |
טריפנוסומה | קרוזי | מחלת צ'אגאס | |
פרקולוזואה | נגלריה | פאולרי | דלקת קרום המוח האמבית הראשונית (נאגלריאזיס) |
הלמינתים טפיליים
הטקסונומיה של תולעים טפיליות, שכולן שייכות לממלכת Animalia עדיין מכילה אי וודאות רבות. המינים הפתוגניים נמצאים בשתי פילות: הנמטודה, או תולעים עגולות, וה Platyhelminthes, או תולעים שטוחות. הנמטודה מחולקת בהיסוס לשתי כיתות 7, אחת מהן, כרומדוריאה, מכילה כנראה קבוצות לא קשורות. התולעים השטוחות הטפיליות כלולות בשלוש מחלקות של תולעת שטוחה, מהן שתיים חשובות לבני אדם, הטרמטודות והקסטודות.
כיתה | סוג | מינים | מחלות קשורות |
---|---|---|---|
כרומדוריאה | אנקילוסטומה | קאנינום | זיהום בתולעי קרס לכלב |
אנקילוסטומה | תריסריון | זיהום תולעי קרס מהעולם הישן | |
אסקאריס | לומבריקואידים | אסקריאזיס | |
אנטרוביוס | ורמיקולריס | אנטרוביאזיס (תולעת סיכה) | |
לואה | לואה | לואה לואה פילאריאזיס (תולעת עיניים) | |
נקטור | אמריקנוס | נקטוריאזיס (זיהום תולעי קרס בעולם החדש) | |
סטרונגילואידס | סטרקורליס | סטרונגילואידיאזיס | |
אנופלה | טריצ'ינלה | ספירליס | טריצינוזיס |
טריצ'וריס | טריצ'יורה | טריצ'וריאזיס (זיהום תולעת שוט) |
כיתה | סוג | מינים | מחלות קשורות |
---|---|---|---|
טרמטודה | קלונורצ'יס | סיננסיס | פלוק כבד סיני |
פאשיולופסיס | בוסקי | פאסיולופסיאזיס | |
פאסיולה | ג'יגאנטיקה | פאסיוליאזיס | |
פאסיולה | הפטיקה | פאסיוליאזיס | |
אופיסטורצ'יס | פלינוס | אופיסטורכיאזיס | |
אופיסטורצ'יס | ויווריני | אופיסטורכיאזיס | |
שיסטוסומה | המטוביום | סכיסטוזומיאזיס בשתן | |
שיסטוסומה | יפניקום | שיסטוזומיאזיס | |
שיסטוסומה | מנסוני | סכיסטוזומיאזיס במעי | |
צ'סטודה | דיפילובוטריום | לאטום | דיפילובוטריוזיס |
אכינוקוקוס | גרנולוסוס | ציסטות הידאטיות (אכינוקוקוזיס ציסטי) | |
אכינוקוקוס | רב-תכליתי | אכינוקוקוזיס | |
טאניה | אסיאתית | טניאזיס מעיים | |
טאניה | סגינטה | טניאזיס מעיים | |
טאניה | סוליום | טניאזיס מעיים, ציסטיקירוזיס |
הערות שוליים
- 1 אמון ידני של ברגי. המדריך לשיטתיות של ברגי של ארכאה וחיידקים, מתווה טקסונומי 2012. http://www.bergeys.org/outlines.html
- 2 הוועדה הבינלאומית לטקסונומיה של וירוסים. "רשימת המינים הראשיים של ICTV." http://talk.ictvonline.org/files/ict...l/default.aspx
- 3 ד 'ס' היבט ואח '. "סיווג פילוגנטי ברמה גבוהה יותר של הפטריות." מחקר מיקולוגי 111 מס '5 (2007) :509—547.
- 4 ג'יי מקניל ואח '. קוד המינוח הבינלאומי לאצות, פטריות וצמחים (קוד מלבורן). אובררייפנרג, גרמניה. ספרים מדעיים של קולץ; 2012. http://www.iapt-taxon.org/nomen/main.php?
- 5 SM עדל ואח '. "הסיווג החדש ברמה גבוהה יותר של אוקריוטים עם דגש על הטקסונומיה של הפרוטיסטים." כתב העת למיקרוביולוגיה אוקריוטית 52 מס '5 (2005) :399—451.
- 6 SM עדל ואח '. "הסיווג המתוקן של אוקריוטים." כתב העת למיקרוביולוגיה אוקריוטית 59 מס '5 (2012) :429—514.
- 7 המרכז הלאומי למידע ביוטכנולוגי. "דפדפן טקסונומיה: נמטודה." http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy...ax.cgi? מזה=6231